Les 7 meilleurs logiciels de facturation certifiés en 2025

En 2025, la facturation électronique continue son déploiement. À la veille de la réforme, de nombreuses entreprises recherchent un logiciel de facturation certifié pour rester en conformité.

Ces outils ne se limitent pas à créer des factures : ils prennent en charge l’intégralité du processus de facturation dans le respect des obligations légales. Cela comprend l’édition et l’émission de factures au format électronique requis, ainsi que la transmission automatique des données à l’administration fiscale.

Mais comment choisir un outil de facturation réellement conforme et adapté à votre activité ? Quelles solutions offrent le juste équilibre entre conformité et gestion simplifiée ?

Dans cet article, nous revenons sur le rôle d’un logiciel de facturation certifié et vous présentons notre sélection des 7 meilleurs outils pour vous aider à faire le bon choix.

Qu'est-ce qu'un logiciel de facturation certifié ?

À partir de 2026, toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront être en mesure d'émettre et de recevoir des factures électroniques. Pour cela, il existe des logiciels de facturation certifiés, capable de répondre aux exigences de la réforme.

Concrètement, quelles sont ces normes :

• Editer des factures respectant un format normé (format Factur-X, UBL ou CII) : les exemplaires papiers ou PDF seront interdits ;
• Inclure les mentions obligatoires exigées par l'administration fiscale (SIREN, adresse de livraison, nature de la transaction, TVA applicable etc.) ;
• Assurer la transmission aux destinataires via une plateforme agréée dite PA (ex PDP) ;
• Garantir la traçabilité et la sécurisation des données de facturation.

À l'approche de la réforme de la facturation électronique, s'appuyer sur un logiciel certifié est indispensable pour se préparer au changement tout en étant conforme à la loi.

Pourquoi utiliser un logiciel de facturation certifié ?

Nous l'avons évoqué précédemment, un logiciel de facturation certifié n'est pas seulement un choix de confort. C'est un moyen sûr et fiable de respecter les obligations légales, car dans le cas contraire, l'entreprise s'expose à plusieurs risques :

• Un rejet des factures par les destinataires ou l'administration fiscale ;
• Des retards de paiement et donc, un impact sur la trésorerie ;
• Une amende de 15€ par facture non émise, ou qui ne respecte pas la norme (e-invoicing). Plafond 15 000€/an ;
• Une amende de 250€ par transmission non effectuée (e-reporting). Plafond à 15 000€/an ;
• Une amende de 7 500€ par logiciel non conforme pour les entreprises déjà soumises à la règlementation concernant les logiciels de caisse (loi anti fraude à la TVA) ;
• Un contrôle fiscal, un redressement, voire des sanctions plus lourdes en cas de récidive.

Au delà de l'enjeu légal, l'enjeu financier pour les entreprises françaises n'est pas négligeable. Il est primordial de s'appuyer sur un logiciel de facturation électronique fiable pour aborder sereinement les changements à venir.

Quels sont les meilleurs logiciels de facturation certifiés en 2025 ?

Les nouvelles exigences de l'État quant à la facturation électronique obligatoire poussent les entreprises françaises à se tourner vers des solutions plus fiables et complètes. En plus de permettre une gestion simplifiée du cycle de facturation, les logiciels certifiés doivent être en mesure d'émettre des factures conformes, de transmettre les données de manière sécurisée à l'administration fiscale et de garantir leur inaltérabilité.

Parmi les nombreuses options disponibles, certaines solutions se démarquent par leur robustesse, leur modernité et leur accompagnement vers cette transition.

Découvrez maintenant notre sélection des 7 logiciels de facturation certifiés les plus performants et leurs fonctionnalités clés.

1. Sellsy

Sellsy est un logiciel français de gestion administrative et commerciale pour les TPE et PME. Reconnu pour sa plateforme tout-en-un, Sellsy permet aux entreprises de piloter leur facturation, leurs contacts via le CRM, leurs actions marketing et leur trésorerie au même endroit.

Son interface moderne et intuitive est facile à prendre en main, et ses nombreux automatismes permettent à ses utilisateurs de gagner un temps précieux au quotidien.

Déjà immatriculée au registre des Plateformes Agréées (ex PDP), Sellsy montre l'exemple et assure d'ores et déjà la conformité de ses clients en matière de facturation électronique.

Ce qu'il faut retenir

• Certification fiscale : pré-immatriculé au registre des PA (ex PDP), Sellsy est un logiciel de facturation conforme pour la réforme de 2026 (e-invoicing, e-reporting et archivage sécurisé).
• Édition de tous les documents commerciaux : devis et factures personnalisables, proformas, bons de commande et bons de livraison.
• Transformation d'un devis en facture en un clic.
• Relances automatiques en cas de retard de paiement.
• Pré-comptabilité : rapprochement bancaire, journaux et export FEC.
• Reporting détaillé pour suivre l'activité, les finances et prendre des décisions stratégiques.
• Paiement en ligne via Stripe ou GoCardless.
• Signature électronique : gagnez du temps pour valider vos contrats commerciaux.
• Écosystème d'intégrations riche : connectez-vous avec les outils les plus appréciés du marché (Slack, MailChimp, Google Drive...).
• Support client basé en France, accompagnement et formation à la prise en main, essai gratuit.

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2. Henrri

Henri est un logiciel de facturation gratuit destiné aux petites entreprises, indépendants et freelances qui recherchent une solution simple et efficace. Ses fonctionnalités gratuites permettent de créer de devis et factures en quelques clics, et d'activer des relances automatiques en cas de retard de règlement.

Ce qu'il faut retenir

• Logiciel gratuit, adapté aux auto-entrepreneurs qui démarrent leur activité.
• Nombre de devis, factures, clients et utilisateurs illimités.
• Plan payant pour des fonctionnalités avancées (pré-comptabilité : rapprochement bancaire, export pour l'expert-comptable ; suivi du CA...).
• Aucune publicité : malgré la gratuité, Henrri offre une expérience utilisateur fluide.
• Bibliothèque de modèles : CGV, CGU, politique de confidentialité...

3. Evoliz

Evoliz est un logiciel de facturation moderne et complet pour les TPE et PME qui souhaitent une prise en main simple et rapide. Il permet de piloter le processus de facturation de la création du devis jusqu'à l'encaissement, tout en respectant les normes fiscales françaises. Evoliz met l'accent sur la protection des données en les stockant en France, et permet un suivi précis de l'activité grâce à ses tableaux de bords personnalisables.

Ce qu'il faut retenir

• Édition de devis et factures conformes à la législation.
• Application mobile pour gérer sa facturation même en déplacement.
• Suivi des dépenses et des paiements clients automatisé.
• Données stockées en France sur des serveurs sécurisés.
• Tableaux de bords précis pour aider à la prise de décision.

4. Indy

Indy est un logiciel pour les micro-entreprises, professions libérales et freelances qui souhaitent gérer leur facturation et comptabilité en toute simplicité. Son interface intuitive permet d'alléger les tâches chronophages grâce à l'automatisation des calculs ou l'aide aux déclarations fiscales.

Grâce à son compte professionnel intégré, Indy permet à ses utilisateurs une gestion centralisée de leur activité.

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Ce qu'il faut retenir

• Solution pensée pour les indépendants : fonctionnalités simples à utiliser, adaptées à leurs besoins.
• Indy fait partie des plateformes agréées (ex PDP) pré-immatriculées.
• Gain de temps : de nombreuses tâches comptables peuvent être automatisées pour alléger la charge administrative.
• Compte pro intégré : carte physique et virtuelle, IBAN français.
• Aide gratuite à la création d'entreprise.
• Offre gratuite pour démarrer, puis tarifs évolutifs pour des modules plus avancés (déclaration TVA, bilan, export comptable...).

5. Zervant

Zervant est un logiciel de facturation scandinave, idéal pour les freelances et entreprises de petite tailles (moins de 50 clients). Accessible en ligne ou sur son application mobile, il permet de créer, d'envoyer et de suivre ses factures très simplement. Son interface claire et intuitive est tout à fait adaptée aux profils débutants qui éditent un petit volume de facture.

Quant à la législation, Zervant n'a pas encore évoqué un éventuel statut PDP, mais assure à ses clients une conformité totale avec la loi anti-fraude et la future réforme de la facturation électronique.

Ce qu'il faut retenir

• Factures normées, respectant la règlementation en vigueur.
• Catégorisation des dépenses et gestion comptable simplifiée.
• Version gratuite jusqu'à 5 factures par mois, paiement en ligne et rapprochement bancaire.
• Suivi du statut des factures automatisé (formule payante).

6. Axonaut

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un pour les TPE et PME qui souhaitent centraliser leur suivi administratif. Il permet le pilotage de la gestion commerciale, de la facturation, des dépenses et achats, des stocks et de la trésorerie.

L'éditeur a récemment communiqué son immatriculation au registre des PA (anciennement PDP) et fera donc partie des partenaires officiels de l'État.

Ce qu'il faut retenir

• Certification PA/PDP : gage de fiabilité pour la facturation électronique.
• Module CRM : gestion des contacts, campagnes de vente SMS et mail, statistiques commerce.
• Achats et stocks : gestion des commandes et règlement fournisseurs.  
• Suivi de la trésorerie, compte professionnel inclus.

7. Facture.net

Facture.net est un outil en ligne entièrement gratuit, pensé pour les freelances et auto-entrepreneurs qui démarrent leur activité. Il permet de générer des devis et factures en seulement quelques clics, et d'accéder très simplement aux fonctionnalités de base du suivi d'activité.

La société ne fera pas partie de la liste des PA (PDP) mais propose à ses clients la personnalisation de factures conformes aux futures règles de l'Etat.

Ce qu'il faut retenir

• Solution gratuite, adaptée aux indépendants qui lancent leur activité.
• Interface intuitive et rapide à prendre en main.
• Personnalisation de devis et facturation électronique simplifiée.
• CRM intégré pour suivre les contacts et opportunités.

Choisir un logiciel s'inscrit dans une véritable stratégie à long terme. Aujourd'hui plus encore, s'adosser à un partenaire de confiance (PA/PDP) pour sa facturation peut permettre à votre entreprise de gagner en productivité et d'alléger les contraintes liées à la règlementation fiscale.