Facturation

26/2/2026

- mis à jour le

Les 7 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs en 2026

meilleurs logiciels facturation auto-entrepreneurs

Sommaire

Si vous êtes auto-entrepreneur, peut-être que vous avez l'habitude d'utiliser Excel ou Word pour éditer vos factures clients. C'est simple et surtout gratuit, mais dans quelques mois, ce sera interdit. L'obligation de facturation électronique entre en vigueur le 1er septembre 2026, et pour s'y préparer vous devrez vous équiper d'un logiciel conforme.

Sur le marché, la liste est longue : certains sont déjà certifiés plateforme agréée, d'autres devront s'appuyer sur un partenaire, d'autres encore restent assez vagues sur le sujet. Quoi qu'il en soit, vous devrez choisir un logiciel adapté à votre activité, et qui respecte la nouvelle règlementation.

Pour vous aider à faire le bon choix, nous avons préparé ce comparatif des 7 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs : on vous détaille leurs fonctionnalités, leurs avantages mais aussi leurs limites.

Vous découvrirez qu'un bon logiciel ne se limite pas à créer des factures : il peut vous permettre d'alléger votre charge administrative et de vous libérer du temps pour votre coeur de métier.

Tableau comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs

Logiciel	Tarif départ	Statut PA	App mobile	Relances	Essai gratuit	Cible
Sellsy	29 €/mois	✅	✅	✅	15 jours	TPE, PME, Indépendants
Henrri	Gratuit	❌	❌	✅	Illimité	Indépendants, TPE
Evoliz	20 €/mois	✅	✅	✅	15 jours	TPE, PME
Zervant	Gratuit	❌	✅	Manuelles	Illimité	Freelances, artisans
Indy	Gratuit	✅	✅	✅	Illimité	Indépendants
Axonaut	70 €/mois	✅	✅	❌	15 jours	TPE, PME
Zoho Invoice	Gratuit	❌	✅	✅	Illimité	Freelances, petites structures

Pourquoi utiliser un logiciel de facturation en tant qu’auto-entrepreneur ?

La vraie question n’est plus « est-ce que j’en ai besoin ? » mais « lequel choisir ? ». Et en 2026, il y a un sujet qui s’impose pour tous les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA : la réforme de la facturation électronique. Voici ce que ça change concrètement — et pourquoi ça vaut le coup d’y réfléchir maintenant plutôt qu’à la dernière minute.

La facturation électronique devient obligatoire : ce qu’il faut savoir

Dès le 1er septembre 2026, toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques. Pour l’émission, les micro-entreprises et TPE ont jusqu’en septembre 2027 — mais autant s’y préparer en avance, le changement prend du temps à mettre en place.

Ce que ça implique concrètement : vous devrez passer par une plateforme agréée (anciennement appelée PDP), certifiée par l’administration fiscale. C’est elle qui s’occupe de tout le volet technique : émission et réception des factures en formats structurés (Factur-X, UBL, CII), transmission des données à l’administration, e-reporting, archivage légal sur 10 ans.

Le point à ne pas rater : si votre logiciel n’est pas lui-même certifié plateforme agréée et qu’il n’est pas connecté à l’une d’elles, vous ne serez pas en règle. C’est le premier critère à vérifier quand vous comparez des solutions.

Quels sont les meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs en 2026 ?

Il existe des dizaines d’outils sur le marché. Nous avons sélectionné les 7 logiciels de facturation qui se démarquent vraiment en 2026, choisis pour leur facilité de prise en main, leur rapport qualité/prix, leur conformité réglementaire et la qualité de leur support.

1. Sellsy

Sellsy est une solution conçue pour ceux qui veulent tout gérer sur une même plateforme, sans jongler entre quatre outils différents. Facturation, CRM, marketing, trésorerie : tout est centralisé dans une interface unique, pensée pour les TPE et PME françaises qui veulent structurer leur gestion commerciale sans se compliquer la vie.

Côté réglementation, Sellsy a obtenu son immatriculation définitive en tant que plateforme agréée auprès de la DGFiP. Concrètement, cela signifie que vous n’avez rien à faire de plus pour être en règle avec la réforme 2026 : l’émission, la réception des factures et l’e-reporting sont déjà intégrés dans l’outil. Pas besoin d’un intermédiaire supplémentaire, pas de module à activer en urgence. Avec plus de 65 000 entreprises utilisatrices, Sellsy s’est imposée comme une des références incontournables sur le marché français.

Ce qui est bien pensé aussi : vous pouvez démarrer uniquement avec le module facturation, puis élargir à la trésorerie ou au CRM quand votre activité le justifie. Idéal pour un auto-entrepreneur qui veut un outil évolutif, sans payer pour des fonctionnalités dont il n’a pas encore besoin. Un essai gratuit de 15 jours est disponible pour tester avant de vous décider.

Principales fonctionnalités :

Module Plateforme Agréée certifié : Sellsy est officiellement certifiée par la DGFiP — émission, réception et e-reporting sont conformes aux obligations de la réforme 2026 ;
E-reporting automatisé : les données sont transmises au Portail Public de Facturation sans que vous ayez à intervenir, ce qui élimine tout risque d'oubli ou d'erreur ;
Création de tous types de documents : devis, bons de commande, bons de livraison, factures proforma... tous personnalisables avec votre logo et votre design ;
Transformation des devis en factures en un clic : plus besoin de ressaisir vos données, la conversion est instantanée et sans risque d’erreur ;
Relances paramétrables : configurez vos rappels par mail selon vos délais de paiement — vos impayés se gèrent presque tout seuls ;
Paiement en ligne sécurisé : intégration avec Stripe et GoCardless pour encaisser par carte ou prélèvement SEPA directement depuis la facture ;
Pré-comptabilité et export FEC : rapprochement bancaire, journaux comptables et export FEC pour simplifier les échanges avec votre expert-comptable ;
Signature électronique intégrée : faites signer vos devis et contrats en ligne depuis la plateforme, sans imprimer ni scanner ;
CRM intégré : prospects, opportunités, pipeline commercial : tout est connecté à la facturation, dans la même interface ;
Sellsy IA : un assistant pour automatiser la rédaction de devis, d’e-mails ou de résumés. Pratique pour accélérer les tâches répétitives ;
Support client basé en France : joignable par chat, téléphone et mail, avec une équipe qui connaît bien les problématiques TPE/PME.

2. Henrri

Henrri, c’est un logiciel de facturation en ligne gratuit pour les indépendants qui démarrent ou qui ont un volume de facturation limité. Développé par Rivalis, il n’impose aucune limite sur les factures, les devis ou le nombre d’utilisateurs, et ne cache aucun frais. Les documents sont personnalisables avec charte et logo, pour soigner son image de marque, même sans budget logiciel.

Point d’attention pour la réforme 2026 : Henrri n’est pas certifié plateforme agréée. Il fonctionnera comme Solution Compatible, adossé à un partenaire agréé pour assurer la conformité de ses utilisateurs. Si vous êtes assujetti à la TVA, c’est une information importante à anticiper.

Principales fonctionnalités :

Facturation gratuite et illimitée : créez autant de factures et de devis que vous voulez, sans plafond ni supplément à la fin du mois ;
Relances de paiement : paramétrez des rappels pour limiter les retards et ne plus gérer vos relances une par une ;
Plus de 40 modules gratuits : une vraie bibliothèque d’extensions pour enrichir l’outil au fil de l’évolution de votre activité ;
Gestion de la trésorerie : suivez vos recettes et vos dépenses en temps réel sans avoir besoin d’un tableau Excel en parallèle ;
Bibliothèque de documents juridiques : CGV, CGU, politique de confidentialité... des modèles prêts à l’emploi pour sécuriser votre activité ;
Interface sans publicité : même en version gratuite, pas de pub pour une expérience utilisateur fluide.

3. Evoliz

Evoliz est un logiciel de facturation français pensé pour les TPE et micro-entreprises qui veulent un outil efficace sans avoir à se former pendant des heures. L’interface est claire, les tableaux de bord sont lisibles au premier coup d’œil, et l’outil couvre bien plus que la simple création de factures : suivi des paiements, gestion de la trésorerie, relances automatiques... tout ce qu’il faut pour piloter son activité sereinement.

Bonne nouvelle côté réglementation : Evoliz a décroché son immatriculation en tant que plateforme agréée. Vous serez donc en règle pour la réforme de septembre 2026 sans rien avoir à faire de plus.

Principales fonctionnalités :

Statut plateforme agréée certifiée : Evoliz est immatriculée par la DGFiP et la facturation électronique de vos clients sera conforme dès la réforme 2026 ;
Création de devis et factures conformes : des modèles avec toutes les mentions légales obligatoires déjà intégrées, pour aller vite sans risque d’oubli ;
Suivi des paiements avec relances : des rappels configurables pour réduire vos délais d’encaissement sans relancer à la main ;
Tableaux de bord financiers : un coup d’œil suffit pour voir où en est votre trésorerie, vos encours et vos paiements attendus ;
Application iOS et Android : pratique pour les indépendants qui travaillent souvent en dehors de leur bureau ;
Données hébergées en France : conformité RGPD assurée, avec un hébergement 100 % sur le territoire national.

4. Zervant

Zervant est un outil pour ceux qui veulent démarrer vite et simplement. D’origine finlandaise mais disponible en français, il mise tout sur sa simplicité d'utilisation : une interface épurée, une prise en main en quelques minutes, et des factures illimitées gratuitement. À noter que la formule gratuite est limitée à 5 clients enregistrés — un détail à garder en tête si votre portefeuille clients est amené à grandir rapidement.

Attention toutefois : Zervant n’est pas certifié plateforme agréée. Pour être en règle avec l’obligation 2026, ses utilisateurs assujettis à la TVA devront envisager une migration, ou s’assurer que Zervant s’adosse à un partenaire immatriculé. Un point à ne pas négliger si vous êtes concerné.

Principales fonctionnalités :

Factures et devis gratuits et illimités : vous pouvez créer et personnaliser des factures gratuitement, parfait pour tester sans engagement ;
Interface simple et intuitive : aucune formation nécessaire, vous êtes opérationnel en quelques minutes ;
Suivi des paiements : visualisez facilement ce qui est payé, ce qui est en attente, et envoyez des rappels manuels à vos clients ;
Rapports financiers de base : un aperçu simple de votre activité pour ne pas piloter à l’aveugle ;
Application sur iOS et Android : gérez vos factures depuis votre téléphone, disponible sur le store de votre choix ;
Offre premium payante : pour débloquer les rappels automatiques et quelques options de personnalisation supplémentaires.

5. Indy

Indy est vraiment pensé pour les indépendants — freelances, professions libérales, micro-entrepreneurs. L’idée derrière l’outil : regrouper facturation, comptabilité et compte pro sur une seule interface, pour que vous puissiez tout gérer vous-même au quotidien, sans avoir besoin d’un expert-comptable pour les démarches courantes. Un positionnement rare sur le marché, et qui fait toute la différence pour les auto-entrepreneurs qui veulent garder la main sur leur gestion administrative sans y passer des heures.

Ce qui fait la différence : Indy est certifiée plateforme agréée, et la facturation électronique est accessible dès la version gratuite. Et comme l’outil calcule automatiquement vos cotisations URSSAF et votre TVA selon votre régime fiscal — franchise en base ou TVA réelle — vous gagnez un temps précieux sur les déclarations.

Principales fonctionnalités :

Facturation électronique gratuite et illimitée : créez vos factures gratuitement, déjà conformes à la réforme 2026, sans frais ni engagement ;
Calcul automatique des charges et de la TVA : selon votre régime — franchise en base ou TVA — Indy fait les calculs à votre place et simplifie vos déclarations URSSAF ;
Compte pro intégré : un IBAN français avec carte bancaire physique ou virtuelle, directement accessible depuis le même portail que votre facturation ;
Comptabilité automatisée : la synchronisation bancaire catégorise vos transactions pour tenir une comptabilité à jour sans ressaisie manuelle ;
Suivi des paiements et relances : des alertes paramétrables pour savoir où en sont vos encaissements et relancer les retardataires automatiquement ;
Tableau de bord financier : chiffre d’affaires, dépenses, paiements en attente — tout est visible en temps réel.

6. Axonaut

Axonaut, c’est le choix pour les auto-entrepreneurs dont l’activité grandit et qui commencent à avoir besoin de plus qu’un simple logiciel de facturation. CRM, gestion de projet, comptabilité, trésorerie, stocks... Tout est là, dans un seul outil made in France (Toulouse, pour être précis). Une solution particulièrement adaptée aux TPE en développement qui veulent centraliser leur gestion commerciale sans multiplier les abonnements.

L’éditeur est certifié plateforme agréée, et la facturation électronique est incluse dans tous les abonnements sans frais supplémentaires, ce qui n’est pas le cas de tous les concurrents.

Principales fonctionnalités :

PA inclus dans tous les abonnements : pas de module à payer en supplément — la facturation électronique conforme 2026 est disponible dès le départ ;
CRM avec pipeline commercial : gérez vos prospects, vos opportunités et vos contacts depuis le même outil que votre facturation — un vrai gain de temps au quotidien ;
Gestion de projet : planifiez vos tâches, suivez la rentabilité de vos prestations et organisez votre travail sans quitter la plateforme ;
Compte pro intégré : un compte bancaire avec cartes Mastercard et rapprochement automatique au même endroit ;
Gestion des stocks : un atout pour ceux qui vendent des produits ou marchandises et ont besoin de suivre leur inventaire ;
Application mobile : accédez à toutes vos données commerciales et financières depuis votre téléphone.

7. Zoho Invoice

Zoho Invoice, c’est une bonne option si vous cherchez un logiciel de facturation gratuit, efficace et disponible sur smartphone. L’éditeur Zoho est bien implanté à l’international, et sa solution couvre l’essentiel pour un auto-entrepreneur ou un freelance qui débute : créer des devis et des factures pro, suivre les paiements, envoyer des rappels — sans rien débourser. L’interface est soignée, l’application mobile bien conçue, et la prise en main ne demande pas de formation particulière.

Le bémol à connaître : Zoho Invoice n’est pas une plateforme agréée au sens de la réglementation française. Si vous êtes assujetti à la TVA, il vous faudra une solution partenaire pour être en règle avec l’obligation 2026.

Principales fonctionnalités :

Version gratuite complète : créez vos devis et factures sans frais, sans carte de crédit, avec tout ce qu’il faut pour bien démarrer ;
Suivi des paiements et relances : programmez des rappels pour les impayés et gardez un œil sur l’état de vos encaissements en temps réel ;
Application mobile soignée : disponible sur iOS et Android (téléchargeable sur le store), avec une expérience utilisateur bien pensée ;
Gestion des dépenses : enregistrez vos achats et dépenses pro pour avoir une vision financière complète et simplifier vos déclarations ;
Intégration avec l’écosystème Zoho : si vous utilisez déjà Zoho CRM ou Zoho Books, tout se synchronise automatiquement sans ressaisie ;
Personnalisation des documents : ajoutez votre logo, choisissez vos couleurs, ajustez le design pour des factures qui ressemblent vraiment à votre société.