Les 10 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs en 2025

La facturation ne devrait jamais être un casse-tête, surtout quand on est auto-entrepreneur. En 2025, face à l’obligation prochaine de la facturation électronique, choisir un bon logiciel n’est plus une option. Voici notre sélection des meilleures solutions du marché.

Gérer ses devis, suivre ses paiements, rester conforme aux obligations fiscales, gagner du temps sur l’administratif... Voilà les enjeux quotidiens de tout auto-entrepreneur. Si vous exercez en freelance ou en micro-entreprise, vous savez qu’un bon outil de facturation peut faire toute la différence.

Mais face à l’abondance d’offres disponibles, comment savoir quel logiciel est vraiment adapté à votre activité ? Pour vous aider à y voir plus clair, nous avons testé et comparé de nombreuses solutions afin de vous proposer cette sélection des 10 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs en 2025.

Quels sont les meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs en 2025 ?

Avec la multiplication des offres disponibles sur le marché, il n’est pas toujours facile de s’y retrouver. Entre les logiciels gratuits, les solutions tout-en-un ou les outils spécialisés dans un usage simple et rapide, chaque auto-entrepreneur doit choisir en fonction de ses besoins réels : gérer ses factures, suivre ses paiements, automatiser ses relances ou encore anticiper la transition vers la facturation électronique obligatoire en 2026.

Notre sélection ci-dessous vous présente les outils les plus efficaces, testés et validés pour leur simplicité, leur conformité fiscale, leur accessibilité tarifaire et leur pertinence pour les micro-entreprises.

1. Sellsy

Sellsy est un logiciel français complet qui s’adresse principalement aux petites et moyennes entreprises souhaitant centraliser l’ensemble de leur gestion commerciale et administrative sur une seule plateforme. Plus qu’un simple outil de facturation, Sellsy se positionne comme une solution intégrée qui couvre à la fois la facturation,le CRM, la gestion de trésorerie et le Marketing.  la comptabilité, le CRM, la gestion des ventes et même le suivi des temps de travail.

Conforme aux exigences de la législation française, notamment en matière de facturation électronique, Sellsy offre une interface moderne, modulable et intuitive, permettant une prise en main rapide par les équipes administratives comme commerciales. Il est particulièrement apprécié pour sa capacité à automatiser un grand nombre de tâches chronophages, tout en offrant une vision globale de l’activité de l’entreprise. Sellsy est déjà conforme aux exigences de la législation française, et sera conforme en matière de facturation électronique.

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Principales fonctionnalités :

• Édition de factures et devis personnalisables, conformes aux normes légales en vigueur
• Création de tous types de documents : gérez votre facturation avec les bons de commande, les bons de livraison mais aussi les factures proforma
• Facture d’avancement : Sellsy permet d’émettre des factures par jalons au fil de l’avancement du projet, garantissant un flux de trésorerie aligné sur le progrès réel des travaux.
• Gestion des achats : Sellsy centralise et contrôle l’ensemble des dépenses, facilitant le suivi des fournisseurs et l’optimisation des coûts.

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• Paiement en ligne sécurisé, avec intégration de passerelles comme Stripe ou GoCardless - Paiement récurrent.
• Signature électronique pour valider rapidement devis et contrats.
• Relances automatiques en cas d’impayés, avec paramétrage des délais.
• Pré-comptabilité : rapprochement bancaire, journaux comptables, plan comptable mais aussi export FEC pour votre expert comptable Outils de suivi pré-comptable, journaux comptables génération d’écritures, rapprochement bancaire.
• Tableau de bord & rapports d’activité complets (Suivi de votre chiffre d’affaires, calcul des achats et marges…).
• Modules de gestion commerciale et CRM pour piloter les opportunités, le cycle de vente et la relation client.
• Intégration avec d’autres outils : Sellsy peut s’intégrer facilement avec des outils populaires comme Slack, MailChimp, et Google Drive et connecté aux meilleurs outils comptables du marché.
• Accès gratuit expert comptable.
• Support client réactif : accessible par mail, tchat et téléphone, basé en France.

Principaux inconvénients :

• Coût : Un essai gratuit est possible mais à l’inverse d’autres solutions, Sellsy ne propose pas de version gratuite sur le long terme.
• Complexité : En raison de la richesse de ses fonctionnalités, Sellsy peut être un peu complexe à prendre en main pour les nouveaux utilisateurs. La solution propose un accompagnement de formation pour maîtriser l’ensemble des outils.

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2. Henrri

Développé par la société Rivalis, Henrri est un logiciel 100 % gratuit et sans limite, conçu spécifiquement pour les petites entreprises et les indépendants. Son interface est claire, ses fonctionnalités couvrent tous les besoins essentiels, et son modèle économique basé sur des services annexes (non obligatoires) permet de l’utiliser sans frais cachés.

C’est l’un des outils les plus plébiscités par les auto-entrepreneurs débutants.

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Principales fonctionnalités :

• 100 % gratuit.
• Factures et devis illimités.
• Relances automatiques pour les impayés.
• Interface claire et mobile-friendly.
• Gestion de la trésorerie et calcul de TVA.

Principaux inconvénients :

• Pas de gestion des stocks ni de CRM intégré.
• Certaines fonctions plus poussées sont payantes.

3. Evoliz

Evoliz propose une solution cloud intuitive pour les freelances, TPE et auto-entrepreneurs. C’est un bon compromis entre simplicité et richesse fonctionnelle, avec une attention particulière portée à la conformité fiscale française.

Avec Evoliz, vous suivez facilement vos factures, paiements et finances sans compétences comptables. Il est particulièrement apprécié pour sa visibilité en temps réel sur l’activité.

Principales fonctionnalités :

• Devis et factures conformes aux normes.
• Tableaux de bord financiers clairs.
• Relances automatiques.
• Hébergement en France (RGPD).
• Application mobile disponible.

Principaux inconvénients :

• Moins de personnalisation graphique.
• Peu de modules annexes (CRM, stock).

4. Zervant

Pensé pour les freelances, artisans et auto-entrepreneurs, Zervant mise tout sur la simplicité. Ce logiciel d’origine finlandaise séduit par son interface claire, ses modèles intuitifs et son accès gratuit. Il est idéal pour ceux qui débutent ou n’ont pas de besoin complexe.

Une version premium permet d’ajouter des fonctions comme les relances automatiques ou les rappels de paiement.

Principales fonctionnalités :

• Factures illimitées en version gratuite.
• Interface très simple, idéale pour débuter.
• Relances manuelles possibles.
• Rapports financiers de base.

Principaux inconvénients :

• Peu de fonctionnalités avancées.
• Personnalisation limitée des documents.

5. Indy

Indy est conçu exclusivement pour les indépendants, micro-entrepreneurs et professions libérales. Plus qu’un outil de facturation, c’est une plateforme de gestion complète qui automatise la comptabilité et simplifie les démarches fiscales.

Idéal pour ceux qui souhaitent tout centraliser (compta + facturation) sans faire appel à un expert-comptable.

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Principales fonctionnalités :

• Création illimitée de devis/factures.
• Calcul automatique des charges (URSSAF, TVA…).
• Déclarations fiscales automatisées.
• Compte pro intégré gratuit avec IBAN français.
• Interface ultra intuitive.

Principaux inconvénients :

• Pas adapté aux structures avec plusieurs utilisateurs.
• Modèles de documents peu personnalisables.

6. Axonaut

Axonaut se présente comme un ERP complet “made in France”, à destination des petites entreprises. Il combine facturation, CRM, gestion de projet, RH et bien plus. Pour un auto-entrepreneur qui veut aller plus loin que la simple édition de factures, c’est un outil redoutable.

Attention toutefois à ne pas se noyer dans les nombreuses options disponibles si vos besoins sont très simples.

Principales fonctionnalités :

• Gestion complète : facturation, CRM, projets.
• Suivi des paiements et rappels.
• Accès mobile.
• Automatisation de nombreuses tâches.

Principaux inconvénients :

• Complexité de prise en main.
• Prix élevé pour un usage simple.

7. Zoho Invoice

Zoho Invoice est une solution internationale qui séduit par sa simplicité et son intégration avec tout l’écosystème Zoho (CRM, compta, RH, etc.). Idéal si vous utilisez déjà d’autres outils de cette suite ou si vous voulez une solution légère mais complète.

La version gratuite couvre largement les besoins d’un auto-entrepreneur.

Principales fonctionnalités :

• Création facile de devis/factures.
• Relances automatiques.
• Application mobile puissante.
• Suivi des paiements.
• Intégration avec Zoho CRM, Zoho Books...

Principaux inconvénients :

• Fonctionnalités avancées limitées sans abonnement.
• Interface peu personnalisable en français.