Les 7 meilleurs logiciels de facturation dans le cloud en 2025

Dans un environnement professionnel où la mobilité, l’efficacité et la conformité sont devenues des priorités, les entreprises – qu’elles soient petites, moyennes ou indépendantes – ont besoin d’outils numériques fiables pour simplifier leur gestion financière. Parmi ces outils, les logiciels de facturation dans le cloud s’imposent comme des alliés incontournables.

Contrairement aux logiciels installés localement, ces solutions en ligne permettent d’accéder à ses données depuis n’importe quel appareil connecté, tout en offrant des fonctionnalités automatisées comme la création de devis, le suivi des paiements, les relances, et même la comptabilité intégrée. De plus, ils garantissent une mise à jour constante face aux évolutions réglementaires, comme la généralisation de la facturation électronique à partir de 2026 en France.

Mais comment choisir le bon logiciel parmi les nombreuses options disponibles ? Faut-il privilégier un outil 100 % français, une solution gratuite, ou une plateforme tout-en-un avec CRM intégré ?

Quels sont les meilleurs softwares de facturation dans le cloud ?

Dans cette sélection, nous avons comparé pour vous 7 des meilleurs logiciels de facturation dans le cloud, en tenant compte de plusieurs critères essentiels :

• la richesse fonctionnelle.
• la simplicité d’utilisation.
• la conformité légale.
• la compatibilité avec les besoins des petites entreprises.
• et bien sûr, le rapport qualité-prix.

Que vous soyez entrepreneur individuel, freelance, TPE ou PME, cette liste vous aidera à identifier l’outil le plus adapté à votre activité. Commençons par Sellsy, la solution française tout-en-un particulièrement plébiscitée par les professionnels à la recherche d’une plateforme complète et évolutive.

1. Sellsy

Sellsy est un logiciel français complet qui s’adresse principalement aux petites et moyennes entreprises souhaitant centraliser l’ensemble de leur gestion commerciale et administrative sur une seule plateforme. Plus qu’un simple outil de facturation, Sellsy se positionne comme une solution intégrée qui couvre à la fois la facturation,le CRM, la gestion de trésorerie et le Marketing.  la comptabilité, le CRM, la gestion des ventes et même le suivi des temps de travail.

Conforme aux exigences de la législation française, notamment en matière de facturation électronique, Sellsy offre une interface moderne, modulable et intuitive, permettant une prise en main rapide par les équipes administratives comme commerciales. Il est particulièrement apprécié pour sa capacité à automatiser un grand nombre de tâches chronophages, tout en offrant une vision globale de l’activité de l’entreprise. Sellsy est déjà conforme aux exigences de la législation française, et sera conforme en matière de facturation électronique.

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Principales fonctionnalités

• Édition de factures et devis personnalisables, conformes aux normes légales en vigueur.
• Création de tous types de documents : gérez votre facturation avec les bons de commande, les bons de livraison mais aussi les factures proforma.
• Facture d’avancement.

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• Paiement en ligne sécurisé, avec intégration de passerelles comme Stripe ou GoCardless - Paiement récurrent
• Signature électronique pour valider rapidement devis et contrats
• Relances automatiques en cas d’impayés, avec paramétrage des délais
• Pré-comptabilité : rapprochement bancaire, journaux comptables, plan comptable mais aussi export FEC pour votre expert comptable. Outils de suivi pré-comptable, journaux comptables génération d’écritures, rapprochement bancaire
• Tableau de bord & rapports d’activité complets (Suivi de votre chiffre d’affaires, calcul des achats et marges…)
• Modules de gestion commerciale et CRM pour piloter les opportunités, le cycle de vente et la relation client
• Intégration avec d’autres outils : Sellsy peut s’intégrer facilement avec des outils populaires comme Slack, MailChimp, et Google Drive et connecté aux meilleurs outils comptables du marché
• Accès gratuit expert comptable.
• Support client réactif : accessible par mail, tchat et téléphone, basé en France.

Principaux inconvénients

• Coût : Un essai gratuit est possible mais à l’inverse d’autres solutions, Sellsy ne propose pas de version gratuite sur le long terme.
• Complexité : En raison de la richesse de ses fonctionnalités, Sellsy peut être un peu complexe à prendre en main pour les nouveaux utilisateurs. La solution propose un accompagnement de formation pour maîtriser l’ensemble des outils.

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2. QuickBooks

QuickBooks est un logiciel de facturation cloud conçu par Intuit, particulièrement populaire dans les pays anglophones, mais qui connaît un essor croissant en France. Il s'adresse surtout aux petites entreprises, travailleurs indépendants et freelances cherchant une solution intuitive pour gérer leur facturation et leur trésorerie.

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Principales fonctionnalités

• Facturation simplifiée : Création rapide de factures avec rappels automatiques pour les paiements en retard.
• Synchronisation bancaire : Importation automatique des relevés pour un rapprochement facilité.
• Application mobile performante : Idéale pour gérer sa facturation en déplacement.
• Rapports financiers personnalisables : Tableau de bord clair avec indicateurs clés.

Principaux inconvénients

• Interface parfois trop anglo-saxonne.
• Support client en français limité.
• Fonctionnalités avancées uniquement sur les plans supérieurs.

3. Henrri

Henrri est une solution gratuite conçue pour les entrepreneurs individuels et les très petites entreprises. Développé par le groupe Rivalis, il se distingue par son modèle 100 % gratuit, sans publicité ni limite d’utilisation. Une excellente porte d’entrée dans la digitalisation de la gestion administrative.

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Principales fonctionnalités

• Facturation gratuite et illimitée: Sans publicité, sans limite d’utilisateurs ni de clients.
• Suivi des règlements et relances automatiques : Optimise la trésorerie et réduit les retards de paiement.
• Personnalisation des documents : Logo, couleurs, mentions légales, tout est modulable.

Principaux inconvénients

• Pas de fonctionnalités de comptabilité.
• Pas d’intégration CRM ou gestion de stock.
• Limitations pour les entreprises plus complexes.

4. Evoliz

Evoliz est un logiciel de gestion commerciale en ligne à destination des TPE et PME. Facile d’utilisation, il permet de centraliser devis, factures, achats et trésorerie dans une seule interface. C’est une alternative française robuste pour ceux qui recherchent une solution simple mais complète.

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Principales fonctionnalités

• Facturation et devis en ligne : Interface fluide pour créer rapidement vos documents commerciaux.
• Intégration bancaire : Synchronisation des comptes et catégorisation automatique des dépenses.
• Suivi analytique des performances : Tableaux de bord, statistiques et export comptable.

Principaux inconvénients

• Courbe d’apprentissage pour certaines fonctionnalités.
• Peu d’options pour les moyennes ou grandes entreprises.

5. EBP

Acteur historique en France, EBP propose une gamme complète de logiciels pour la gestion, la comptabilité et la facturation. Son logiciel cloud s’adresse aux PME recherchant une solution conforme aux exigences fiscales françaises.

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Principales fonctionnalités

• Facturation professionnelle : Conforme aux normes fiscales françaises, avec édition d’avoir, bons de livraison, etc.
• Gestion de stock et multi-devises : Utile pour les entreprises avec activité logistique.
• Comptabilité intégrée : Liaison automatique avec le plan comptable.

Principaux inconvénients

• Interface vieillissante par rapport à des solutions 100 % cloud.
• Complexité pour les non-initiés.

6. Sage Business Cloud

Sage Business Cloud est la solution en ligne de l’éditeur historique Sage, conçue pour accompagner les PME dans leur gestion comptable et commerciale. Elle propose une large gamme de modules interconnectés couvrant la facturation, la comptabilité, la trésorerie et le reporting. Sa robustesse, sa conformité fiscale et son évolutivité en font une solution prisée par les entreprises en croissance. Sage mise sur la fiabilité et l’accompagnement, notamment en période de transition vers la facturation électronique obligatoire.

Principales fonctionnalités

• Facturation, gestion et comptabilité intégrées : Un système modulaire qui couvre tous les besoins des PME.
• Sécurité et conformité élevées : Hébergement sécurisé avec mises à jour automatiques.
• Outils de reporting avancés : Visualisation des indicateurs en temps réel.

Principaux inconvénients

• Interface peu intuitive.
• Coûts élevés à l’échelle pour certaines entreprises.

7. Indy

Indy est un logiciel de comptabilité nouvelle génération, conçu spécialement pour les indépendants, freelances et professions libérales. Il simplifie radicalement la gestion financière grâce à une automatisation poussée et une interface ultra intuitive. Indy se distingue notamment par sa capacité à générer automatiquement les déclarations fiscales à partir des relevés bancaires, sans saisie manuelle. C’est une solution idéale pour ceux qui veulent gagner du temps sans se plonger dans la comptabilité.

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Principales fonctionnalités

• Facturation simplifiée et comptabilité automatisée : Pensé pour les non-comptables.
• Déclarations fiscales automatisées : Génération et télétransmission facile des déclarations.
• Support client ultra réactif : Disponible par chat, mail ou téléphone.

Principaux inconvénients

• Destiné uniquement aux indépendants.
• Manque de fonctionnalités avancées pour les entreprises en croissance.