Les meilleurs logiciels de facturation électronique en 2025

La transformation numérique des entreprises françaises s’accélère, notamment sous l’impulsion de la réforme sur la facturation électronique. Dès 2027, toutes les entreprises seront tenues d’émettre, recevoir et conserver leurs factures sous format électronique, selon un calendrier bien défini par l’administration fiscale. Cette obligation ne doit pas être vue comme une contrainte, mais comme une opportunité d’optimiser sa gestion financière.

Choisir un logiciel de facturation électronique adapté devient donc une priorité stratégique. Les bons outils permettent non seulement de répondre aux exigences légales (formats Factur-X, outil PDP, centralisation PPF…), mais aussi de gagner un temps précieux grâce à l’automatisation des tâches, le suivi des paiements et l’intégration comptable.

Dans cet article, nous vous proposons une sélection des meilleurs logiciels de facturation électronique en 2025, pour vous aider à faire le choix le plus pertinent selon votre activité.

Quels sont les meilleurs logiciels de facturation électronique ?

Le marché français regorge aujourd’hui de solutions performantes, mais toutes ne répondent pas de la même manière aux enjeux de conformité, de simplicité d’usage et d’efficacité. Il est donc essentiel de bien comprendre les critères à considérer avant de s’engager : compatibilité avec les normes fiscales, adaptabilité au secteur d’activité, niveau d’automatisation, facilité de prise en main, coût…

Certains logiciels s’adressent particulièrement aux indépendants, auto-entrepreneurs ou professions libérales, avec une interface simple et des fonctionnalités essentielles. D'autres ciblent les PME ou ETI en intégrant des modules avancés comme la gestion commerciale, le suivi analytique ou l’intégration bancaire. De plus en plus d’éditeurs proposent également une connexion directe avec les plateformes publiques et partenaires de dématérialisation.

L’important est de choisir un outil capable de s’intégrer à vos processus sans les alourdir. La facturation électronique ne doit pas être perçue comme une barrière technologique, mais comme un levier de simplification et de sécurité. Grâce à un logiciel bien choisi, vous éviterez les erreurs, réduirez vos délais de paiement et améliorerez votre relation client.

Voici donc notre comparatif des 10 meilleurs logiciels de facturation électronique en 2025, chacun évalué selon ses atouts spécifiques.

1. Sellsy

Sellsy est une solution française qui combine plusieurs outils de gestion dans une seule plateforme : CRM, facturation, gestion des ventes, comptabilité, etc. Elle s’adresse principalement aux PME souhaitant digitaliser l’ensemble de leur cycle commercial. Grâce à une interface claire et moderne, Sellsy permet une prise en main rapide, même pour les non-initiés à la comptabilité.

L’une de ses grandes forces réside dans l’automatisation des flux : création de devis et factures, envoi automatique, relances, archivage conforme… Tout est pensé pour faciliter le quotidien des équipes commerciales et administratives.

Fonctionnalités clés

• Conforme facturation électronique : Le logiciel est en cours d’immatriculation PDP, sera compatible avec les nouvelles obligations en matière de facturation électronique (Factur-X, PPF), et propose déjà des passerelles avec les meilleurs outils comptables du marché.
• CRM intégré : Gestion complète de la relation client, de la prospection à la facturation, dans un seul outil centralisé.
• Suivi automatisé des paiements : Relances automatiques configurables et tableau de bord du statut des règlements.
• Création de devis et factures personnalisés : Possibilité de créer des modèles adaptés à votre identité visuelle.
• ‍Intégration comptable fluide : Connecté aux logiciels de comptabilité et accès gratuit pour votree expert-comptable.

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2. Sage

Sage est une référence incontournable pour les TPE, PME et experts-comptables. Ce logiciel historique a su évoluer pour intégrer les exigences de la facturation électronique tout en conservant sa robustesse. Il offre de nombreuses fonctionnalités comptables avancées, mais aussi un module de facturation performant.

Sage facilite la création de factures personnalisées, la gestion des règlements, la déclaration de TVA et bien plus. Il est compatible avec les plateformes de l’administration (PPF, PDP) et respecte les normes fiscales en vigueur. C’est un choix judicieux pour les entreprises qui souhaitent un outil à la fois complet, sécurisé et reconnu par les professionnels du chiffre.

Fonctionnalités clés

• Facturation compatible avec les normes fiscales : Respect des formats exigés pour 2026 et intégration au portail Chorus Pro.
• Automatisation des tâches répétitives : Création de factures récurrentes, relances, rapprochements bancaires.
• Modularité selon les besoins : Sage propose des versions adaptées aux TPE, PME et grandes entreprises.
• Gestion multi-utilisateurs et multi-devises : Idéal pour les structures avec plusieurs collaborateurs ou à l’international.
• Suivi des règlements clients/fournisseurs : Vue d’ensemble de la trésorerie et gestion des retards de paiement.
• Connexion directe à la comptabilité : Flux de données intégrés pour un traitement rapide par les comptables ou cabinets partenaires.

3. Full

Full est un logiciel de facturation 100 % en ligne conçu pour les indépendants, freelances et petites structures. Il mise sur la simplicité d’utilisation et l’efficacité, avec une interface épurée qui permet de créer une facture en moins d’une minute. L’approche "no-code" plaît particulièrement aux utilisateurs sans expérience comptable.

Le logiciel propose toutes les fonctionnalités de base : création de devis/factures, suivi des paiements, relances automatiques, export comptable, etc. Son prix attractif en fait une solution de choix pour ceux qui cherchent une solution fiable sans complexité inutile.

Fonctionnalités clés

• Facturation rapide et intuitive : Création de documents en quelques clics via une interface pensée pour les indépendants.
• Conforme à la norme NF525 : Sécurisation des données fiscales pour éviter toute contestation de l’administration.
• Tableau de bord simplifié : Vue en temps réel sur les factures envoyées, payées, en retard, ou en brouillon.
• Suivi des paiements automatisé : Système d’alerte dès qu’un règlement est reçu ou qu’un client est en retard.
• Export comptable facilité : Téléchargement des écritures au format compatible avec les outils de comptabilité.
• Support client réactif et francophone : Assistance disponible pour résoudre rapidement les problématiques des utilisateurs.

4. Pennylane

Pennylane est plus qu’un logiciel de facturation : c’est une véritable plateforme financière tout-en-un. Elle s’adresse aux PME qui souhaitent regrouper comptabilité, facturation et gestion bancaire sur un seul outil collaboratif. Elle permet également une collaboration en temps réel avec l’expert-comptable.

L’un de ses points forts est l’automatisation des tâches : synchronisation bancaire, rapprochements, traitement des reçus, intégration des paiements… Pennylane sera conforme aux normes de facturation électronique, notamment grâce à sa compatibilité avec Factur-X et sa capacité à s’intégrer à l’écosystème public.

Fonctionnalités clés

• Intégration complète avec la comptabilité : Données financières centralisées pour une comptabilité en temps réel.
• Facturation conforme aux obligations fiscales : Envoi de factures électroniques valides, prêtes pour l’archivage et l’audit.
• Collaboration fluide avec l’expert-comptable : Accès partagé à tous les documents sans échanges manuels.
• Interface moderne et épurée : Navigation intuitive, adaptée à tous les profils, même non comptables.
• Synchronisation bancaire automatique : Import et catégorisation des transactions en temps réel.
• Alertes de trésorerie et échéances fiscales : Outils d’anticipation pour éviter les oublis ou retards de déclaration.

5. Tiime

Tiime est une solution conçue pour les indépendants, professions libérales et petites entreprises. Elle se distingue par sa simplicité et sa compatibilité mobile, permettant aux utilisateurs de gérer leur facturation depuis leur smartphone. C’est un outil particulièrement apprécié des freelances qui veulent rester conformes sans perdre de temps.

Le logiciel propose des fonctions essentielles : facturation, gestion des notes de frais, export des documents, accompagnement comptable… Il est conforme aux normes en vigueur, compatible avec les exigences de 2026, et propose une assistance humaine réactive.

Fonctionnalités clés

• Application mobile puissante : Facturation, numérisation de justificatifs et suivi depuis un smartphone.
• Création de devis et factures personnalisables : Insertion de logos, mentions légales, remises et conditions.
• Suivi automatique des paiements : Indicateur de factures réglées ou impayées directement dans le tableau de bord.
• Gestion des notes de frais intégrée : Numérisation de tickets et remboursement rapide dans l’outil.
• Connexion avec les experts-comptables partenaires : Accès partagé et synchronisation des écritures facilitée.

6. Qonto

Qonto est à l’origine un compte professionnel en ligne, mais propose désormais un module de facturation intégré. C’est une solution tout-en-un pour les indépendants et petites entreprises qui veulent centraliser leur gestion financière sans multiplier les outils.

La création de factures se fait en quelques secondes et peut être directement liée aux transactions bancaires. L’envoi automatique, le suivi des règlements et l’archivage électronique sont au rendez-vous. Qonto respecte les exigences de la facturation électronique (formats, archivage, conformité légale).

Fonctionnalités clés

• Création de factures intégrée au compte pro : Émettre une facture directement liée à un compte bancaire Qonto.
• Paiement rapide via lien intégré : Ajout de lien de paiement (Stripe, carte, virement) dans chaque facture.
• Suivi des statuts de facturation en temps réel : Indication claire sur les factures payées, en retard ou annulées.
• Historique des clients et transactions : Base de données consultable pour analyser les paiements et relancer efficacement.
• Intégration avec les outils comptables : Export facile ou synchronisation directe des données.

7. Dext

Dext se spécialise dans la capture et le traitement automatisé des justificatifs et factures fournisseurs. Très utilisé par les experts-comptables et leurs clients, il permet de gagner un temps considérable sur la gestion documentaire.

Bien qu’il ne soit pas un logiciel de facturation pur, Dext complète parfaitement d’autres outils en facilitant l’automatisation, la conformité et l’export comptable. Il est aussi compatible avec les normes de facturation électronique à venir.

Fonctionnalités clés

• Capture intelligente de documents : Numérisation de factures papier ou PDF via mobile ou mail avec extraction automatique.
• Reconnaissance OCR performante : Lecture précise des montants, TVA, dates, fournisseurs pour traitement rapide.
• Archivage sécurisé et consultable : Historique complet, filtrable et exportable à tout moment.
• Validation des factures fournisseurs : Circuit d’approbation pour vérifier les dépenses avant intégration comptable.
• Connectivité avec plus de 30 logiciels comptables : Synchronisation des écritures avec Sage, Quickbooks, Cegid, etc.
• Rapports personnalisés pour le pilotage : Outils d’analyse des dépenses par fournisseur, catégorie ou période.

8. Indy

Indy est une solution pensée exclusivement pour les indépendants et professions libérales. Elle permet de gérer à la fois la facturation, la comptabilité et les déclarations fiscales, sans avoir besoin de connaissances techniques.

Indy automatise les principales tâches administratives, avec une interface claire et conviviale.

Fonctionnalités clés

• Facturation simple et intuitive : Interface conçue pour les indépendants, sans jargon comptable.
• Déclarations fiscales automatisées : Génération des formulaires 2035, 2042-C PRO, etc. à partir des factures.
• Suivi des paiements et rapprochements bancaires : Connexion aux comptes bancaires pour un suivi en temps réel.
• Tableau de bord financier personnalisé : Visualisation des revenus, charges et bénéfices net par mois ou année.
• Assistance par des conseillers fiscaux : Aide intégrée pour les questions liées à l’activité indépendante.

9. Flowie

Flowie est une plateforme de gestion des achats et de la facturation conçue pour les entreprises de taille moyenne à grande. Elle propose une approche très structurée du traitement des factures, avec des circuits de validation, des autorisations et des suivis budgétaires.

C’est un outil puissant pour les directions financières qui veulent un contrôle total sur les flux entrants et sortants. Flowie est bien évidemment compatible avec les obligations réglementaires à venir en France.

Fonctionnalités clés

• Gestion des factures entrantes et sortantes : Centralisation et traitement rapide de tous les flux documentaires.
• Workflow de validation avancé : Paramétrage de circuits d’approbation selon le type de document ou de service.
• Conformité avec la facturation électronique.
• Vue analytique des dépenses et budgets : Suivi des coûts par projet, service ou fournisseur, avec alertes de dépassement.
• Intégration avec ERP et outils financiers : Synchronisation des données avec votre système d'information interne.
• Accès multi-utilisateurs avec rôles personnalisés : Gestion des droits d’accès par service ou fonction.

10. Spendesk

Spendesk est une solution complète de gestion des dépenses, particulièrement appréciée des entreprises en croissance. Elle permet un contrôle précis des paiements, une gestion automatisée des factures fournisseurs, et l’émission de cartes virtuelles.

La partie facturation est intégrée dans un workflow de validation clair, avec archivage conforme. Spendesk s’adresse aux structures souhaitant optimiser leurs dépenses tout en restant en conformité avec la facturation électronique.

Fonctionnalités clés

• Numérisation et validation des factures fournisseurs : Capture rapide et circuit d’approbation intégré.
• Paiement centralisé par carte ou virement : Exécution des règlements directement depuis la plateforme.
• Contrôle budgétaire avancé : Limites par équipe, suivi des postes de dépenses et alertes de dépassement.
• Dashboard pour les équipes financières : Vue globale sur les paiements, les factures en attente, et les écarts budgétaires.
• Intégration native avec Slack, Notion, ou ERP : Automatisation des notifications et synchronisation avec les outils d'entreprise.