Les meilleurs logiciels de facturation électronique en 2026

Septembre 2026 approche à grands pas, et avec cette date, l'obligation pour toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA d'émettre et de recevoir des factures électroniques. Quel logiciel de facturation électronique choisir pour être prêt à temps ? La réponse dépend avant tout de la taille de votre structure et de vos besoins : certaines solutions misent sur la simplicité pour les indépendants et auto-entrepreneurs, d'autres proposent une gestion commerciale complète pour les TPE et PME.

Dans cet article, on passe en revue les 10 meilleurs logiciels de facturation électronique en 2026 pour vous aider à faire le bon choix.

Tableau comparatif des logiciels de facturation électronique

Pourquoi est-il important d'avoir un logiciel de facturation électronique ?

La réforme de la facturation électronique n'est plus très lointaine : elle entre en vigueur dès le 1er septembre 2026. À cette date, toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques. Pour l'émission, les grandes entreprises et les ETI sont concernées dès cette même échéance, tandis que les PME et TPE auront jusqu'en septembre 2027.

Concrètement, cette réforme impose de s'adosser à une plateforme agréée (anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire) immatriculée par la Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP). Ces solutions prennent en charge tout le volet technique et réglementaire :

• émission et réception des factures dans des formats structurés (Factur-X, UBL, CII) ;
• transmission des données obligatoires à l'administration fiscale via le Portail Public de Facturation ;
• e-reporting des données des transactions ;
• archivage légal sur 10 ans.

Adopter un logiciel de facturation électronique dès maintenant, ce n'est pas seulement répondre à l'enjeu de conformité légale. C'est aussi l'occasion de gagner du temps, de réduire les erreurs de saisie, d'automatiser les tâches chronophages et de garder un oeil sur sa trésorerie en temps réel.

Un bon outil de facturation électronique doit donc répondre à ces deux exigences : être conforme à la réglementation (statut de plateforme agréée) et être parfaitement adapté à l'usage quotidien de vos équipes, avec une interface simple, des automatisations utiles, des intégrations comptables et un support client réactif.

Quels sont les meilleurs logiciels de facturation électronique ?

Le marché déborde de solutions, mais toutes n'offrent pas le même niveau de conformité, de fonctionnalités ou d'accompagnement. Certains outils sont plutôt pensés pour les petites structures, avec des modules simples et essentiels. D'autres sont plus adaptés aux équipes comptables qui traitent des volumes de documents conséquents. Nous avons analysé pour vous les 10 meilleurs logiciels de facturation électronique en 2026 : cible, fonctionnalités et accompagnement, vous saurez tout ⬇️

1. Sellsy

Sellsy, n'est pas qu'un simple outil de facturation électronique. Avec ses modules CRM, facturation, marketing et trésorerie, la plateforme française permet un pilotage à 360. Du premier contact avec un prospect jusqu'à l'encaissement de la facture, tout se gère au même endroit, sans jongler entre plusieurs logiciels.

Pour être conforme avec la réforme, pas besoin d'intermédiaire : Sellsy a obtenu son immatriculation définitive en tant que plateforme agréée auprès de la DGFiP. Tous les critères obligatoires pour septembre 2026 sont intégrés dans l'outil (mentions obligatoires, formats structurés, e-invoicing et e-reporting).

Avec plus de 65 000 entreprises utilisatrices, Sellsy s'est imposée comme une référence pour les TPE et PME françaises. Son interface est moderne, et pensée pour les entreprises en pleine croissance : il est possible de ne démarrer qu'avec un simple module, puis d'en ajouter de nouveaux au fur et à mesure, selon les besoins.

Fonctionnalités à retenir

• Module PA certifié : L'émission, la réception et la transmission des factures électroniques sont conformes aux exigences de la réforme 2026 ;
• CRM intégré : gérez vos prospects et suivez vos opportunités depuis le pipeline commercial dédié ;
• Relances automatiques paramétrables : configurez vos plans de relance pour accélérer vos délais de règlement et réduire les impayés  ;
• Paiement en ligne sécurisé : intégration native avec Stripe et GoCardless pour vos encaissements par carte bancaire ou prélèvement SEPA ;
• Portail client personnalisé : vos clients consultent et règlent leurs factures en toute autonomie depuis leur espace dédié : moins de charge administrative pour vos équipes ;
• Signature électronique : validez rapidement devis et contrats de manière sécurisée.
• Sellsy IA : un assistant intelligent intégré à la plateforme pour automatiser la rédaction de mails commerciaux ou de résumés clients et gagner du temps ;
• Application mobile : pilotez toute votre activité commerciale et gérez vos factures depuis votre téléphone, où que vous soyez ;
• Intégrations comptables natives : connexion avec les principaux logiciels comptables pour faciliter la transmission des données à votre expert-comptable sans ressaisie ;
• Données hébergées en France : conformité totale RGPD avec un hébergement des données sur le territoire français.

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2. Sage

Sage est un éditeur reconnu dans la gestion d'entreprise grâce à sa large suite d'outils comprenant : facturation, comptabilité, paie et gestion financière. Sage s'adresse aux entreprises qui souhaitent mettre en place des workflows complexes, et qui traitent de gros volumes de documents.

Si vous utilisez déjà la suite Sage (Sage 100, X3 ou Business Cloud), la facturation électronique conforme s'intègre directement à votre environnement via Sage Network, sans rien changer à vos habitudes de travail.

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Fonctionnalités à retenir

• Logiciel conforme : Sage figure sur la liste des plateformes agréées et gère les formats Factur-X, UBL et CII ;
• Gestion avancée clients et fournisseurs : un historique détaillé des transactions et des échanges permet de suivre les relations commerciales de l'entreprise ;
• Automatisation des relances : des workflows personnalisables permettent de configurer des circuits de relance adaptés à vos règles métier et à vos CGV ;
• Pilotage financier approfondi : des tableaux de bord et KPI personnalisables pour suivre la performance financière de l'entreprise en temps réel et anticiper les décisions stratégiques ;
• Intégration native avec la suite Sage : la cohérence des données est assurée avec l'ensemble du système d'information Sage ;
• Archivage légal sécurisé : conservation des factures pendant 10 ans avec garantie de valeur probante ;
• Gestion des droits utilisateurs : attribution de rôles et d'accès pour protéger les données sensibles.

3. Fulll

Fulll est une plateforme de gestion collaborative destinée aux experts comptables et leurs clients. Elle couvre la facturation, la gestion des achats et le suivi des paiements. Les cabintets et leurs clients y partagent leurs données en temps réel, ce qui permet d'automatiser les flux traditionnels (documents papier, échanges de mails, saisie manuelle...).

Fulll fait partie des éditeurs inscrits sur la liste des plateformes agréées et sera donc compatible avec les critères de la réforme 2026.

Fonctionnalités à retenir

• Création de factures conformes : création de factures personnalisables contenant les mentions obligatoires ;
• Automatisation du traitement des factures fournisseurs : les données des factures entrantes sont extraites et intégrées aux circuits de validation ;
• Workflows de validation configurables : adaptez les circuits d'approbation à vos process internes, avec plusieurs niveaux hiérarchiques et des relances automatiques aux valideurs ;
• Archivage sécurisé à valeur probante : toutes les factures sont conservées sur un coffre-fort numérique sécurisé ;
• Interface collaborative : transmission de pièces, de tâches assignées ou encore de bulletins de paie via la plateforme ;
• Reporting et suivi des flux : tableau de bord centralisé pour suivre en temps réel l'état des factures et les échéances à venir.

4. Pennylane

La plateforme Pennylane a elle aussi, été pensée pour les entreprises et leurs experts-comptables. Sa promesse : une interface collaborative en temps réel qui rend les données accessibles et transparentes pour toutes les parties.

Pennylane est particulièrement appréciée des PME et startups qui souhaitent piloter leur comptabilité et leur facturation sur un outil moderne et conforme aux exigences de la réforme 2026.

Fonctionnalités à retenir

• Facturation automatisée et conforme : création et envoi de factures électroniques dans les formats réglementaires et relances auto pour réduire les impayés ;
• Synchronisation bancaire instantanée : le rapprochement entre les transactions bancaires et les factures se fait automatiquement, sans ressaisie ni action manuelle ;
• Espace collaboratif partagé avec l'expert-comptable : toutes les infos financières sont accessibles en temps réel par le cabinet, ce qui supprime les allers-retours inutiles ;
• Tableaux de bord financiers : les indicateurs clés sont mis en avant pour avoir toujours un oeil sur la santé financière de l'entreprise ;
• Export simplifié pour les déclarations : les données utiles aux déclarations fiscales et sociales sont exportées en un clic dans les formats standards ;
• Gestion des notes de frais : les justificatifs sont contrôlés automatiquement et intégrés à la comptabilité sans ressaisie ;
• Appli mobile ergonomique : consultez vos factures et suivez vos règlements en déplacement depuis l'appli iOS ou Android.

5. Tiime

Tiime est un outil en ligne pour les indépendants et micro-entrepreneurs qui cherchent une solution simple, sans formation préalable. L'interface est volontairement épurée et va à l'essentiel : facturation, comptabilité simplifiée et synchronisation bancaire automatique.

Ce qui différencie Tiime, c'est son modèle économique : le module de facturation électronique est entièrement gratuit, y compris pour la conformité à la réforme 2026. Pas de frais cachés, pas d'options payantes imposées. Les formules payantes permettent d'accéder à des fonctionnalités plus avancées comme la comptabilité ou le compte pro.

Fonctionnalités à retenir

• Module PA gratuit et conforme : Tiime est immatriculée comme plateforme agréée par la DGFiP, et la facturation électronique est incluse sans supplément ;
• Création rapide de devis et factures : des modèles personnalisables permettent de créer des documents conformes en quelques clics ;
• Synchronisation bancaire automatique : les transactions se rapprochent automatiquement des factures pour une suivre les flux de trésorerie en temps réel ;
• Relances automatiques paramétrables : réduisez les délais de paiement en configurant des rappels pour chaque facture non réglée ;
• Gestion des notes de frais : prenez vos justificatifs en photo directement depuis l'appli pour les intégrer à votre comptabilité sans ressaisie ;
• Export comptable en un clic : transmettez vos infos à votre expert-comptable via un export standardisé ;
• Application mobile intuitive : suivez votre activité et gérez vos factures depuis votre téléphone, même en déplacement.

6. Qonto

Qonto est, à l'origine, une néobanque qui propose aujourd'hui un module de facturation électronique. La plateforme a d'ailleurs obtenu son immatriculation par la DGFiP et sera le partenaire agréé de ses clients pour la réforme 2026.

La force de Qonto, c'est son compte bancaire professionnel relié à la facturation dans une seule application. Les factures et les transactions se synchronisent automatiquement pour un suivi précis de la trésorerie.

La solution s'adresse principalement aux TPE, PME et freelances qui veulent gagner du temps sur leur gestion administrative.

Fonctionnalités à retenir

• Facturation directement liée au compte pro : toutes les factures émises et les paiements reçus sont synchronisés avec le compte bancaire professionnel ;
• Notifications des paiements en temps réel : des alertes automatiques vous informent dès qu'un règlement est reçu ou qu'une facture arrive à échéance ;
• Export comptable simplifié : les données sont exportables en un clic vers les formats standards pour faciliter la transmission à votre expert-comptable ou à votre logiciel de gestion ;
• Gestion des dépenses avec cartes virtuelles : des cartes bancaires virtuelles ou physiques permettent de suivre les dépenses des équipes ;
• Virements SEPA instantanés : réglez vos factures fournisseurs directement depuis l'interface Qonto, sans passer par votre appli bancaire ;
• Droits multi-utilisateurs : attribuez différents accès à vos collaborateurs en fonction de leur profil pour sécuriser la gestion des finances ;
• Appli mobile complète : toutes les fonctionnalités de la version web sont disponibles depuis votre téléphone.

7. Dext

Dext est une solution de pré-comptabilité et de dématérialisation des documents financiers. Un outil apprécié des cabinets comptables et de leurs clients PME grâce à l'automatisation de la lecture et du traitement des factures entrantes.

Dext est immatriculée plateforme agréée et utilise l'IA et l'OCR pour extraire automatiquement les informations des factures. Ces fonctionnalités modernes limitent fortement les erreurs de saisie manuelle et réduisent le temps de traitement.

Fonctionnalités à retenir

• Extraction automatique par IA et OCR : les données des factures (montant, TVA, fournisseur, échéance) sont lues et extraites automatiquement, sans intervention manuelle ;
• Numérisation instantanée : photographiez vos tickets depuis l'appli mobile ou importez-les via l'interface web pour les intégrer à votre comptabilité ;
• Détection des anomalies et doublons : l'outil reconnaît les incohérences dans les documents reçus, ce qui réduit les risques d'erreur et facilite les contrôles ;
• Synchronisation avec les logiciels comptables : Dext peut se connecter aux principaux outils de comptabilité du marché pour transmettre les données sans les ressaisir ;
• Archivage sécurisé conforme : toutes les factures et pièces justificatives sont conservées de manière légale avec une traçabilité complète ;
• Suivi en temps réel des flux de facturation : un tableau de bord centralisé pour suivre l'avancement du traitement et mettre en avant les éléments en attente de validation ;
• Accompagnement personnalisé : support dédié et formations pour les équipes comptables.

8. Indy

Indy s'adresse aux travailleurs indépendants. La plateforme réunit facturation, comptabilité et compte pro sur une même interface, pensée pour que chacun puisse gérer ses démarches administratives simplement, sans faire appel à un expert-comptable.

Le gros atout d'Indy : le calcul automatique des charges sociales et de la TVA. Les auto-entrepreneurs et les professions libérales gagnent ainsi un temps précieux sur leurs obligations légales. Indy assurera le rôle de plateforme agréée et donne accès à la facturation électronique dès sa version gratuite.

Fonctionnalités à retenir

• Facturation électronique gratuite et illimitée : créez autant de factures que nécessaire, conformes aux exigences de la réforme 2026 ;
• Calcul automatique des charges et de la TVA : selon le régime fiscal choisi, Indy calcule les cotisations sociales et la TVA dues automatiquement, ce qui simplifie les déclarations pour les indépendants ;
• Compte pro intégré : un compte avec IBAN français et CB physique ou virtuelle, directement accessible depuis la même interface que la facturation et la comptabilité ;
• Comptabilité automatisée : la synchronisation bancaire permet de catégoriser les transactions automatiquement et de tenir une comptabilité à jour ;
• Suivi des paiements avec relances automatiques : paramétrez des alertes et rappels pour suivre vos encaissements ou factures impayées ;
• Export comptable simplifié : les données sont exportées vers les formats standards pour les transmettre à un expert-comptable partenaire si besoin ;
• Tableau de bord financier clair : un suivi de l'activité en temps réel.

9. Flowie

Flowie a la particularité d'utiliser l'intelligence artificielle pour automatiser les processus de facturation et de paiement. La plateforme s'adresse surtout aux PME, ETI et grandes entreprises qui ont des process complexes, de gros volumes de documents à traiter et des workflows de validation sur plusieurs niveaux.

Flowie est immatriculée comme plateforme agréée, et répond également aux standards de facturation de plus de 60 pays : un avantage majeur pour les entreprises qui rayonnent à l'international.

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Fonctionnalités à retenir

• Gestion multi-entités et multi-devises : gérez la facturation de plusieurs entités juridiques sur une seule plateforme, avec conversions de devises et gestion des obligations fiscales par pays ;
• Automatisation des paiements fournisseurs : les règlements sont déclenchés automatiquement selon les conditions paramétrées, ce qui réduit les délais de paiement et les actions manuelles des équipes ;
• Émission et réception de factures conformes : Flowie gère les formats réglementaires (Factur-X, UBL, CII) et assure la transmission des données obligatoires à l'administration fiscale via le PPF ;
• Workflows de validation avancés : des circuits d'approbation configurables s'adaptent aux processus des organisations les plus complexes, avec traçabilité de chaque décision ;
• Intégrations ERP et comptables : connexion avec les principaux systèmes d'information via des API ;
• Tableaux de bord et reporting : mise en évidence des flux de facturation et de paiement pour faciliter le pilotage de la trésorerie ;
• Conformité internationale : Flowie couvre les obligations de facturation électronique de plusieurs pays européens, un atout pour les structures qui opèrent au-delà des frontières françaises.

10. Spendesk

Spendesk est, à l'origine, une plateforme de gestion des dépenses d'entreprise qui s'est progressivement dotée de fonctionnalités de facturation. La solution s'adresse aux PME et ETI qui cherchent à centraliser la gestion de leurs dépenses professionnelles, notes de frais et factures fournisseurs sur une interface unique.

À noter : Spendesk n'est pas une plateforme agréée. L'outil peut cependant s'adosser à une PA pour assurer la conformité de ses clients dans le cadre de la réforme 2026.

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Fonctionnalités à retenir

• Gestion centralisée des dépenses : les cartes de paiement, notes de frais et factures fournisseurs sont pilotées depuis une seule interface, un gain de temps pour les équipes ;
• Automatisation des approbations : les demandes de dépenses et les factures à régler passent par des circuits de validation, avec notifications automatiques aux responsables concernés pour accélérer les traitements ;
• Rapprochement comptable automatisé : les dépenses sont automatiquement rattachées aux bons comptes comptables, ce qui réduit le temps consacré à la clôture mensuelle ;
• Gestion des notes de frais : les collaborateurs prenent en photo leurs justificatifs depuis l'appli mobile et les envoient directement pour remboursement, sans paperasse ni allers-retours ;
• Tableaux de bord en temps réel : une vision claire des dépenses par équipe, par projet ou par fournisseur pour mieux identifier les postes à optimiser ;
• Intégrations comptables : l'outil se connecte avec les principaux logiciels de comptabilité du marché ;
• Appli mobile : accédez à toutes les fonctionnalités de gestion depuis votre smartphone : envoyez vos notes de frais, validez vos dépenses même sur le terrain.