Guide complet de l’archivage des factures électroniques

Et si on vous disait que la réforme de la facturation électronique ne change pas seulement la façon d’envoyer une facture… mais aussi la façon de la conserver ?

Parce que oui : à partir de 2026, ce n’est pas uniquement l’émission qui bascule dans le numérique. C’est tout le cycle qui est encadré par la loi — de la création de la facture jusqu’à son archivage.

Et là, attention : on ne parle plus de stocker des PDF dans un dossier ou dans un cloud. La facture électronique au sens de la réforme, c’est un fichier structuré, transmis via une plateforme (PA) et validé par le Portail Public de Facturation (PPF). Et ce fichier-là doit ensuite être conservé dans des conditions bien plus strictes que ce que l’on fait aujourd’hui.

Alors dans cet article, on va répondre simplement à trois questions :

• qu’est-ce qu’archiver une facture électronique selon les nouvelles règles ?
• en quoi cela diffère de l’archivage actuel qu’on pratique avec nos PDF ou nos classeurs ?
• et surtout : comment s’y préparer dès maintenant côté entreprise ?

Qu’entend-on par « archivage de la facture électronique » ?

Quand on parle d’archivage ici, il ne s’agit pas simplement de sauvegarder un document PDF sur un disque dur et de dire « ouf, c’est fait ». Non : il s’agit de conserver, à long terme, les factures électroniques et de garantir leur valeur légale dans le temps.

Il y a deux points importants à comprendre.

D’abord, rappelez-vous qu’une facture électronique est un fichier structuré, dans un format reconnu (Factur-X, UBL ou CII), contenant des données lisibles par un système informatique. Elle peut être accompagnée d’un PDF lisible, mais ce n’est pas ce PDF qui lui donne sa valeur légale : c’est bien le fichier structuré, authentifié et horodaté.

Ensuite, garantir la valeur légale dans le temps signifie préserver l’authenticité, l’intégrité et la lisibilité du document. Autrement dit, les factures doivent rester exploitables, vérifiables et intactes pendant toute la durée légale : c’est ce qu’on appelle l’archivage à valeur probante.

Trois mots-clés sont donc à retenir, et nous y reviendrons plus en détail par la suite.

Pourquoi l’archivage des factures électroniques est-il un enjeu majeur ?

La réforme de la facturation électronique va profondément changer la manière dont les entreprises françaises gèrent leurs documents comptables. À partir de 2026, il ne s’agira plus seulement d’émettre une facture électronique conforme, mais aussi de la conserver dans des conditions strictes. Et c’est là que l’archivage devient incontournable.

1. Une obligation légale, pas un choix

À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques, puis d’en émettre et elle impose aussi leur conservation selon les règles fixées par l’administration fiscale.

Ces règles sont claires :

• L’article 289 du Code général des impôts impose de garantir pour chaque facture l’authenticité de son origine, l’intégrité de son contenu et sa lisibilité.
• Les factures électroniques doivent être conservées pendant 10 ans, dans leur format d’origine, sans altération possible.
• L’entreprise doit pouvoir les présenter immédiatement en cas de contrôle. Leur archivage doit être effectué dans un environnement juridiquement accessible par l’administration française : en France, dans l’Union européenne, ou dans un pays ayant conclu un accord d’assistance administrative avec la France.

2. La facture électronique archivée : toujours une preuve juridique, mais dans un cadre nouveau

Oui, une facture archivée conserve sa valeur juridique. Mais dans le cadre de la réforme, cette valeur ne repose plus simplement sur un PDF ou une signature. Elle repose sur trois éléments nouveaux :

• le format structuré (Factur-X, UBL, CII),
• la transmission officielle via une Plateforme Partenaire (PA) et son enregistrement dans le Portail Public de Facturation (PPF),
• puis sa conservation dans un système sécurisé, sans modification possible.

C’est cette combinaison — émission conforme, traçabilité via le PPF, archivage structuré — qui donne à la facture sa valeur probante. En cas de contrôle ou de litige, l’entreprise doit être capable de produire le fichier original transmis au PPF, horodaté et intact. Si ce fichier est perdu, altéré ou illisible, l’administration peut remettre en cause sa comptabilité.

3. Et côté sécurité ? La logique change aussi

Avec la facture électronique, l’enjeu n’est plus seulement de “garder” — mais de garantir intégrité, traçabilité et accessibilité dans le temps.

Concrètement, cela se traduit par :

• un scellement électronique ou une empreinte numérique qui prouve que la facture n’a pas été modifiée après émission ;
• un horodatage (celui de la PA et du PPF) qui marque officiellement la date d’émission ;
• des accès contrôlés et tracés dans le système d’archivage (SAE ou archivage intégré à la PA) ;
• la possibilité d’extraire la facture telle qu’elle a été transmise au PPF, même plusieurs années plus tard.

Attention : ne pas confondre archivage vs sauvegarde car c’est l’une des confusions les plus fréquentes. Sauvegarder, c’est copier un fichier dans un endroit sécurisé, pour éviter de le perdre. Cela peut être un dossier, un cloud, une clé USB. Archiver, au sens fiscal, c’est beaucoup plus exigeant.

Autrement dit : une facture électronique bien archivée n’est pas seulement “stockée”.

Elle est opposable, vérifiable, et juridiquement défendable.

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Comment mettre en place l’archivage des factures électroniques : mode d’emploi concret

Maintenant que le cadre est posé, passons au “comment faire”. Voici une méthode simple, étape par étape.

1. Choisir la bonne solution d’archivage

Imaginons : vous êtes une entreprise, la réforme de la facture électronique arrive, et vous vous demandez — très simplement — « Où est-ce que je vais stocker toutes ces factures, et comment être sûr que c’est légal ? »

C’est exactement la bonne question. Parce que toutes les solutions ne se valent pas, et certaines ne suffiront plus.

Première option : la sauvegarde classique

On parle ici du dossier sur un serveur, d’un disque dur externe ou d’un cloud type “Drive”. C’est utile pour ne pas perdre ses documents… mais ce n’est pas de l’archivage légal. Rien ne prouve que les fichiers n’aient pas été modifiés, ni qu’ils seront encore lisibles dans dix ans.

Deuxième option : la GED, la gestion électronique de documents

C’est un outil qui permet de classer, rechercher, partager des documents dans l’entreprise. Pratique pour le quotidien. Mais ce n’est pas suffisant pour garantir l’intégrité et la valeur probante des factures sur la durée. Une GED gère, elle n’archive pas au sens juridique.

Troisième option : le SAE — Système d’Archivage Électronique

C’est ici qu’on entre dans la partie juridique de l’archivage. Un SAE est un environnement sécurisé conçu pour conserver les factures pendant dix ans, sans modification possible. Il horodate, scelle les documents, trace chaque action et permet de prouver que la facture est restée intacte depuis son émission. C’est ce qui lui donne sa valeur probante.

Mais attention : toutes les entreprises n’ont pas besoin de mettre en place un SAE séparément.

Si vous utilisez déjà une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PA) pour émettre vos factures électroniques, vérifiez simplement si cette plateforme propose un service d’archivage à valeur probante intégré. Certaines PA, oui. D’autres s’arrêtent à l’émission et à la transmission — et dans ce cas, c’est à vous de relier la fin du cycle avec une solution de type SAE ou coffre-fort numérique.

Et le coffre-fort numérique ?

C’est une version simplifiée du SAE, qui repose sur les mêmes principes (authenticité, intégrité, horodatage, traçabilité), mais souvent plus accessible pour les TPE-PME.

2.- Sécuriser la facture électronique dès son émission – et jusqu’à son archivage

Lorsqu’une facture électronique est émise via un logiciel ou une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PA), dans un format légal (Factur-X, UBL ou CII), puis transmise au Portail Public de Facturation (PPF), elle obtient officiellement le statut de facture émise : elle est horodatée, enregistrée et traçable. C’est la première étape de la preuve.

Mais pour être conforme, cela ne suffit pas. Il faut sécuriser tout le cycle de vie de la facture : de son émission jusqu’à son archivage à valeur probante. C’est là que commencent vraiment les contrôles internes.

Concrètement, qu’est-ce que cela signifie ?

Prenons un cas très courant : une erreur détectée après l’émission.

Une facture a été transmise via la PA, enregistrée par le PPF… puis on s’aperçoit qu’il y a une erreur de montant ou de TVA. Que faire ?

La réponse est claire : on ne modifie pas une facture déjà émise. La seule manière conforme consiste à :

• Émettre un avoir électronique pour annuler ou corriger la première facture,
• Émettre une nouvelle facture, conforme cette fois,
• Envoyer ces deux documents via la PA → vers le client → et vers le PPF,
• Archiver les deux, car elles font toutes les deux partie de la traçabilité légale.

Ce processus fait partie des contrôles internes essentiels à mettre en place :

• s’assurer que chaque facture envoyée est bien horodatée par la PA,
• que toutes les rectifications passent par un avoir ou une nouvelle émission,
• et que chaque version est archivée dans son format d’origine, sans modification, jusqu’à la fin de la période légale de conservation.

3.- De l’émission à l’archivage : l’entreprise reste responsable jusqu’au bout

Alors, nous voyons bien qu’avec la réforme, une facture électronique ne “vit” pas uniquement au moment où elle est émise. Elle suit un cycle complet qui passe par une PA, une transmission parallèle au Portail Public de Facturation (PPF), une validation et puis un archivage dans son format d’origine.

Et cette dernière étape est tout aussi obligatoire que l’émission.

Alors il est important de retenir que, même si votre logiciel ou votre PA propose un coffre-fort ou un archivage intégré, la responsabilité finale reste celle de l’entreprise.

Autrement dit : si demain l’administration demande la facture telle qu’elle a été envoyée au PPF, c’est à vous de pouvoir la produire, rapidement et dans son format original.

Alors, si vous êtes concerné par la réforme de la facturation électronique, vous pouvez vérifier si vos outils sont certifiés et permettent un archivage conforme à la loi. Certaines plateformes partenaires comme Sellsy, déjà reconnue comme PA, vont justement dans ce sens : émission au format légal, transmission au PPF, puis archivage automatique dans un environnement sécurisé. Une solution qui permet de sécuriser tout votre cycle de facturation électronique, de l’émission à l’archivage.