Les 7 meilleurs logiciels de dématérialisation de facture en 2025

À l'approche de la réforme sur la facturation électronique obligatoire, les entreprises françaises doivent adapter leur fonctionnement aux futures obligations légales. En 2025, la dématérialisation des factures n'est plus seulement une manière de fluidifier les processus administratifs : c’est un moyen incontournable d'assurer sa conformité pour l'échéance du 1er septembre 2026.

Pour répondre à cette transition numérique, de nombreux éditeurs de logiciels proposent des solutions de dématérialisation. L'objectif est de permettre aux entreprises de toutes tailles (TPE, PME, ETI...) d’émettre, de transmettre et d’archiver les factures en toute sécurité. Grâce à des systèmes de workflows et d'automatisations, les processus de dématérialisation offrent aux utilisateurs la possibilité de réduire considérablement le risque d'erreur, mais aussi de gagner un temps précieux pour se concentrer sur des tâches à forte valeur ajoutée.

Mais quels sont les critères de choix pour trouver le meilleur logiciel de dématérialisation de factures ? Comment opter à la fois pour un logiciel conforme et une solution agréée adaptée à vos besoins ?

Dans cet article, nous vous présentons les 7 meilleures plateformes de dématérialisation en 2025, testées et reconnues pour leur conformité, leur performance et leur simplicité d’utilisation.

Qu’est-ce qu’un logiciel de dématérialisation de facture ?

Un logiciel de dématérialisation de facture est une solution informatique qui permet de gérer l'intégralité du cycle de vie d’une facture. Conversion au format numérique légal, validation, envoi ou stockage sécurisé... ces solutions permettent de remplacer le traitement papier et de répondre aux exigences de l'administration fiscale.

Elles peuvent être des plateformes agréées par la DGFiP (anciennement PDP), auquel cas, elles se positionnent comme un partenaire de choix en vue de la règlementation.

Principales fonctions d’un logiciel de dématérialisation des factures :

• Création et émission de facture dématérialisée conforme à la réglementation en vigueur.
• Transmission automatique via le Portail Public de Facturation (PFF)
• Collecte, lecture et traitement des documents entrants
• Intégration fluide avec les programmes de comptabilité, de gestion commerciale ou les ERP.
• Archivage et stockage sécurisé, permettant la traçabilité et la conservation légale des données.
• Automatisation et workflows (validation, comparaison de montants, envois groupés...)

En résumé, ces solutions de dématérialisation offrent aux entreprises un gain de temps, une réduction des coûts liés au traitement papier, mais aussi une gestion beaucoup plus fluide de leurs documents conformes.

Quels sont les meilleurs logiciels de dématérialisation de factures ?

Dans cette course à la conformité, trouver le bon partenaire peut vite devenir un vrai casse-tête. Les promesses se ressemblent, et il devient difficile de savoir quelle offre répondra le mieux à vos besoins. Pour vous éclairer dans votre prise de décision, nous avons sélectionné pour vous les 7 meilleurs logiciels de dématérialisation de facture du marché.

1. Sellsy

Sellsy est un logiciel français tout-en-un destiné aux petites et moyennes entreprises. Bien plus qu'un simple logiciel de facturation, Sellsy se positionne aujourd'hui comme le leader du marché pour piloter à la fois le CRM, la facturation, le marketing, la trésorerie, la comptabilité, les ventes et la gestion du temps. Grâce à ses nombreuses automatisations, la plateforme permet aux équipes de gagner un temps précieux, et facilite le suivi de l'activité financière de l'entreprise.

La grande nouvelle, c'est que Sellsy vient d'être immatriculée au registre des plateformes agréées (PA) et répond d'ores et déjà aux exigences de la réforme sur la facturation électronique obligatoire. Moderne et intuitive, elle est aujourd'hui un exemple de fiabilité et de simplicité d'utilisation.

Ce qu'il faut reteni

• Création de tous types de documents commerciaux (bons de commande fournisseur, devis, proforma, factures, BL).
• Edition et envoi de factures personnalisables, conformes à la règlementation en vigueur (e-invoicing).
• Transmission des données de facturation au Portail Public de Facturation (e-reporting).
• Relances automatiques en cas d'impayés (avec gestion des rappels).
• Partenariat avec Stripe ou GoCardless pour les paiements en ligne sécurisés.
• Module de signature électronique pour les documents commerciaux .
• CRM intégré pour le suivi prospect / client.
• Accès pour l'expert comptable.
• Gestion comptable : écritures, rapprochement bancaire, exports.
• Suivi de la data grâce à des tableaux de bord et reportings détaillés (C.A, marge...).
• Intégration Slack, Google Drive, Mailchimp etc.
• Support client français, basé en France.
• Formation et accompagnement à la prise en main.
• Interface personnalisable et moderne.
• Automatismes réduisant les actions manuelles et les risques d’erreurs.

Principaux inconvénients

• Coût : Sellsy n'a pas de version gratuite, uniquement une version d'essai.
• Prise en main : la plateforme est très complète et peut nécessiter un délai d'adaptation pour les nouveaux utilisateurs.
• Certains modules requièrent une configuration technique préalable.

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2. Henrri

Henrii est un logiciel de facturation électronique 100% en ligne, pensé pour les TPE (indépendants, freelance et petites entreprises). Simple et intuitive, la solution permet de créer, d'envoyer et de suivre les e-invoices en quelques clics.

Henrii met l’accent sur sa simplicité d’utilisation et le respect des exigences de la réforme.

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Ce qu'il faut retenir

• Devis et factures personnalisables.
• Archivage automatique et stockage sécurisé des documents.
• Suivi du CA et des opérations de paiement grâce à des tableaux de bord simples .
• Relances de paiements automatiques.
• Conformité légale avec la facturation électronique.
• Fluide et facile d'utilisation, adapté aux petites entreprises.

Principaux inconvénients

• Solution moins complète que certains autres acteurs du marché.
• Peu de connexions possibles avec des outils externes.
• Selon le volume de demandes, support client plus ou moins réactif.

3. Tiime

Solution française de facturation électronique et gestion comptable, Tiime est entièrement dédiée aux indépendants et les experts-comptables. Grâce à sa plateforme moderne, les fonctionnalités clés du quotidien sont centralisées : devis & factures, notes de frais, compte pro, suivi de trésorerie et même l'aide à la création d'entreprise.

Son application mobile et son interface sont très intuitives, conçues pour simplifier le quotidien des jeunes entrepreneurs et des experts-comptables qui manquent de temps.

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Ce qu'il faut retenir

• e-factures conformes au Code de la Consommation.
• Compte bancaire pro.
• Suivi des achats.
• Pilotage de la trésorerie.
• Appli mobile pour scanner, gérer et envoyer les factures même en déplacement.
• Automatisation de tâches grâce à l'intelligence artificielle.
• Collaboration avec l'expert-comptable et module de pré-comptabilité.
• Support client en France : site web, mail ou téléphone.

Principaux inconvénients

• Certains modules (comme le reporting) ne sont pas disponibles sur la version gratuite.
• Peu de connexions avec d'autres outils.
• Moins adapté aux grandes structures.

4. Yooz

Yooz est une solution SaaS de dématérialisation et de gestion électronique des factures (clients et fournisseurs). Grâce à son intelligence artificielle et à des workflows automatisés, elle lit, classe et traite les documents (papier, PDF ou électroniques) en un temps record.

Souvent comparée à Esker ou Zeendoc, Yooz se distingue par sa puissance et la sécurisation de l’archivage. Plateforme agréée (PA), elle permet aussi la transmission automatique des factures à l’Administration Fiscale, simplifiant ainsi les processus comptables et administratifs.

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Ce qu'il faut retenir

• Reconnaissance intelligente des données des documents et traitement automatisé.
• E-invoicing (émission) au format requis (CII ou Factur-X).
• E-reporting des données de facturation (transmission au Portail Public de Facturation).
• Archivage sécurisé et traçabilité des documents.
• Automatisations et workflows pour supprimer le traitement humain dans les tâches administratives.
• Intégration avec les principaux ERP et logiciels de comptabilité du marché.
• Suivi en temps réel grâce aux tableaux de bord.

Principaux inconvénients

• Un accompagnement est indispensable à la mise en place.
• Interface assez riche qui peut sembler complexe.
• Coût plus élevé que certaines solutions, compte tenu des fonctionnalités très poussées.

5. Axonaut

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un conçu pour les TPE et PME françaises. Il centralise devis, factures, trésorerie et gestion commerciale sur une même plateforme, avec pour objectif de faire gagner du temps et de simplifier la gestion quotidienne.

Plateforme agréée (PA), Axonaut garantit le respect de la législation et la sécurité des données.

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Ce qu'il faut retenir

• Possibilité de personnaliser les devis et factures (logo, charte, CGV...).
• Création de bons de commande et bons de livraison.
• Emission et transmission des factures et des données au PPF.
• Paiements en ligne (Stripe, GoCardless, Paypal).
• Relances automatiques pour les défauts de règlement.
• CRM intégré (opportunités commerciales et suivi client).
• Rapprochement bancaire (connexion rapide avec les banques).
• Module trésorerie avec création d'un prévisionnel.
• Accès gratuit pour le comptable.
• Compte bancaire professionnel.
• Service client en France.

Principaux inconvénients

• La partie comptabilité avancée peut sembler limitée.
• Moins adaptée aux grosses structures .
• Solution limitée en termes d’automatisations.

6. Evoliz

Evoliz s'adresse aux TPE-PME pour la facturation et la pré-comptabilité. Cette solution française est axée sur 3 fonctions principales : d'une part la facturation, puis les dépenses et enfin, les mouvements bancaires. Pour simplifier la vie des petites et moyennes entreprises, Evoliz mise sur les automatismes, la reconnaissance des documents client ou fournisseur et la conformité règlementaire, le tout sur une interface claire et pratique d'utilisation.

Ce qu'il faut retenir

• Édition de factures certifiées conformes au modèle type.
• Transmission au Portail Public de Facturation.
• Création de devis, BL et bons de commande.
• Encaissements facilités (CB, prélèvement ou virement).
• Relances automatiques.
• Réception, reconnaissance et saisie des factures fournisseurs automatisées.
• Synchronisation des comptes bancaires.
• Rapprochement des écritures comptables.
• Interface moderne et simple, parfaite pour les profils non experts.

Principaux inconvénients

• Temps d'adaptation : la prise en main du module de facturation est un peu longue, car complexe.
• Seulement 1 seul accès par abonnement (+ 1 accès expert-comptable) : accès supplémentaire payant.
• Le forfait d'entrée de gamme est très limité dans ses fonctionnalités.

7. Sage

Sage est un logiciel de gestion et de comptabilité reconnu, qui s’adresse aux TPE, PME et ETI grâce à une offre complète couvrant comptabilité, RH et ERP.
Toujours en évolution, Sage intègre désormais l’intelligence artificielle pour automatiser la saisie et les rapports financiers.

Bientôt plateforme agréée, il permettra l’émission de factures électroniques conformes aux normes fiscales.

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Ce qu'il faut retenir

• Pilotage intégral du processus de facturation
• e-factures au format exigé par la réforme
• Connexion au PPF pour la transmission des données (sous réserve d'immatriculation)
• Connexion avec les autres modules de la suite Sage
• Robustesse de la solution et sécurité de la data
• Fonction avancée de reporting pour un pilotage poussé de la situation financière
• Solution puissante, adaptée aux besoins des grandes structures

Principaux inconvénients

• Interface technique, nécessitant un apprentissage et un délai d'adaptation
• Solution plus onéreuse que la moyenne sur le marché
• Plus adapté aux utilisateurs familiers avec l’écosystème Sage

La dématérialisation des factures n’est plus une option : elle devient une obligation légale imposée par la loi française, et d'ici quelques années par une directive européenne. Toutes les entreprises doivent désormais adapter leurs processus internes pour s'adapter à la généralisation de la facture électronique à partir de 2026.

Pour être en conformité, il est essentiel de choisir un logiciel d'automatisation agréé ou un partenaire PA/PDP certifié, capable de transmettre automatiquement les factures via Chorus Pro (PPF). Si certains acteurs sont encore sous réserve d'immatriculation, des éditeurs comme Sellsy peuvent déjà offrir des prestations conformes aux attentes de la DGFIP grâce à leur statut de PA.