Les sanctions de la facturation électronique : lesquelles sont-elles ?

La facturation électronique entre désormais dans une phase concrète. On ne parle plus seulement d’évolution technique ou de modernisation administrative : pour les entreprises, il s’agit d’un véritable enjeu de conformité et de gestion du risque.

Le cadre existe depuis plusieurs années, mais 2026 marque un tournant. L’obligation s’étend à toutes les tailles d’entreprise et les sanctions deviennent plus précises — et plus dissuasives.

La conformité n’est donc plus un simple sujet “à prévoir”. Certaines erreurs, même formelles, peuvent aujourd’hui avoir un impact financier réel.

Dans cet article, nous revenons sur les cinq principaux axes de sanctions applicables en 2026 afin de vous permettre d’anticiper et de sécuriser votre organisation.

Une sanction par absence de plateforme de réception

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en mesure de recevoir leurs factures via une plateforme agréée (PA), quelle que soit leur taille.

Point essentiel : l’absence de plateforme peut être sanctionnée en tant que telle. On parle ici d’une sanction dite « autonome », car elle peut s’appliquer même si vos factures émises sont parfaitement conformes. Autrement dit, ce n’est pas seulement le contenu de vos factures qui est contrôlé, mais aussi votre capacité à les recevoir dans le cadre réglementaire.

La procédure reste progressive. En cas de manquement, l’administration peut d’abord adresser une mise en demeure afin de vous laisser le temps de régulariser la situation. Si rien n’est fait, une amende de 500 euros peut être appliquée. En cas de persistance, elle peut être portée à 1 000 euros et renouvelée tant que l’obligation n’est pas respectée, conformément au Code général des impôts.

Cette règle concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France, y compris celles dont les opérations sont exonérées.

Focus : SCI, LMNP et professions médicales, pourquoi vous êtes aussi concernés ?

Une idée reçue dangereuse circule : la facturation électronique ne concernerait que les entreprises qui émettent des factures avec TVA. C’est une erreur d’interprétation qui pourrait coûter cher.

À compter du 1er septembre 2026, l’obligation de réception s’impose à tous les assujettis à la TVA établis en France, y compris ceux dont les opérations sont exonérées.

Cela peut inclure, selon leur situation fiscale :

• Les professions médicales ;
• Les Sociétés Civiles Immobilières (SCI) ;
• Les loueurs en meublé non professionnels (LMNP), même sans TVA collectée.

Ce n’est donc pas le fait d’émettre des factures avec TVA qui détermine l’obligation, mais la qualité d’assujetti.

Concrètement, même si vous ne facturez pas de TVA, vous recevez des factures de vos fournisseurs (logiciels, matériel, loyers, prestations, etc.). C’est cette capacité à recevoir des factures électroniques qui vous rend concerné par l’obligation.

En cas d’absence de désignation d’une plateforme agréée, le manquement peut entraîner les amendes de 500 € et 1 000 € mentionnées précédemment, après mise en demeure et défaut de régularisation.

Défaut d’émission de factures électroniques : des tarifs à la hausse

Si vous ne respectez pas le format électronique imposé par la loi pour l'émission de vos factures, le prix de l'erreur grimpe en flèche. L'amende, qui était auparavant de 15 euros, passe à 50 euros par facture non conforme.

Pour une entreprise, cela signifie que le risque financier n'est plus seulement symbolique, surtout si le problème est « systémique ». Un mauvais paramétrage de votre logiciel ou une organisation interne mal préparée peuvent générer des centaines de factures invalides en quelques semaines. Certes, il existe un plafond annuel fixé à 15 000 euros par année civile. Cependant, il est essentiel de comprendre que cette sanction vise spécifiquement le manquement à l'utilisation du circuit réglementaire.

Autrement dit, toute facture qui aurait dû passer par le nouveau dispositif et qui est envoyée par un autre canal expose l'entreprise à cette pénalité. D’où la nécessité d’une vigilance totale lors de changements de logiciel, de réorganisations internes ou de modifications de structure juridique.

Le renforcement des sanctions liées à l'E-reporting

Parallèlement à la facturation interentreprises (B2B), le dispositif de 2026 impose des obligations strictes de transmission de données de transaction et de paiement, connues sous le nom d'e-reporting.

Les sanctions dans ce domaine ont doublé :

• Le non-respect des obligations de transmission est sanctionné à hauteur de 500 euros par transmission, contre 250 euros auparavant.
• Comme pour l'émission, un plafond annuel de 15 000 euros est appliqué pour chacune des deux obligations (données de transaction et données de paiement).

Pour les entreprises, cela implique qu'un dispositif informatique incomplet ou un oubli récurrent de remontée d'informations peut entraîner une pénalité maximale très rapidement. L'e-reporting exige, donc,  une rigueur constante car chaque omission de transmission est comptabilisée individuellement.

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La tolérance administrative : un droit à l'erreur limité

Face à l'ampleur de cette réforme, l'administration fiscale conserve une règle d'atténuation, mais celle-ci est strictement encadrée. En cas de première infraction, l'amende n'est pas applicable si deux conditions sont réunies :

1. L'infraction est réparée spontanément ou dans les trente jours suivant la première demande de l'administration.
2. Aucune infraction similaire n'a été commise au cours de l'année civile en cours et des trois années précédentes.

Attention toutefois : cette tolérance ne joue qu'une seule fois. Elle sert de marge de sécurité pour les erreurs techniques ponctuelles lors du démarrage, mais elle ne protège absolument pas contre les manquements répétés ou une absence de préparation sérieuse. Elle impose une réaction extrêmement rapide dès la réception d'une notification administrative.

Responsabilité des plateformes et gouvernance du risque

Le nouveau cadre législatif ne cible pas uniquement les entreprises clientes, mais renforce également la pression sur les plateformes agréées (PA). Celles-ci sont désormais passibles d'une amende de 50 euros par facture en cas de manquement à leur obligation de transmission, avec un plafond annuel de 45 000 euros. Pour les données de transaction et de paiement, les plateformes risquent jusqu'à 100 000 euros d'amende par an.

Pour les dirigeants d'entreprise, cela souligne l'importance du choix de leur partenaire technologique. Une plateforme défaillante peut non seulement entraîner des sanctions pour elle-même, mais aussi perturber gravement votre propre conformité. D'ailleurs, de nouveaux cas de retrait d'immatriculation des plateformes sont prévus en cas de non-respect de leurs obligations.

FAQ : Les points clés à retenir sur les sanctions 2026

Pour conclure ce tour d'horizon, voici les réponses aux questions les plus fréquentes pour assurer la mise en conformité de votre entreprise.

• Peut-on être sanctionné même si l'on n'a commis aucune erreur dans ses factures ? Oui. La loi de finances 2026 prévoit des amendes pour le simple fait de ne pas avoir désigné une plateforme agréée de réception. Cette sanction est autonome et peut être infligée même si vos factures émises sont parfaitement réglementaires.
• Quelles sont les sanctions pour les oublis de transmission de données (e-reporting) ? Le défaut de transmission des données de paiement ou de transaction est sévèrement puni, à hauteur de 500 euros par transmission. Le risque financier est plafonné à 15 000 euros par an pour chaque type d'obligation (paiement et transaction).
• Existe-t-il une indulgence pour une première erreur de mise en œuvre ? Oui, un droit à l'erreur existe si l'infraction est régularisée spontanément ou dans les trente jours suivant une demande de l'administration. Cette tolérance ne s'applique que si aucune faute similaire n'a été commise au cours des trois années précédentes.
• Quels sont les risques pour les plateformes elles-mêmes ? Les plateformes agréées (PA) sont également soumises à une surveillance stricte, avec des amendes pouvant atteindre 100 000 euros par an en cas de manquement à leurs obligations de transmission. Un non-respect grave peut même entraîner le retrait de leur immatriculation.

Petit rappel : les principales sanctions en 2026

La réforme arrive vite. Et elle ne laisse pas de place à l’improvisation.: désignation d’une plateforme, contrôle des flux, paramétrage conforme…alors mieux vaut s’appuyer sur une solution capable de gérer réception, émission et e-reporting dans un cadre sécurisé.

Vous pouvez compter sur Sellsy, plateforme agréée, qui vous accompagne dans cette mise en conformité en centralisant l’ensemble de vos flux au sein d’un outil conforme aux exigences réglementaires.